1965년 9월에 설치되었으며, 당시 기구로는 원장(관리관) 밑에 연구발전부와 교수부가, 연구발전부에는 교육계획수립 및 해외연구 · 교육기관과의 협력업무와 교재편찬을 담당하는 발전과와, 지방행정과제조사 및 연구와 지방행정 정보센터업무를 담당하는 조사과가 있었다.
교수부에는 학사관리와 연수생의 생활지도를 담당하는 교무과와, 교과운영 및 교육평가를 담당하는 운영과가 있었다. 교육훈련기능은 내무부산하 지방행정기관의 관리직공무원에 대한 정신 및 직무교육 전담교육기관으로서, 그 주요과정은 시장 · 군수 · 구청장 및 읍 · 면 · 동장에 대한 시책과 정신재무장을 위한 기관장교육과정, 중견관리직공무원에 대한 정신이념교육과정, 직급에 기준한 기본직무능력의 향상을 위한 기본교육과정, 담당업무의 전문성을 높이기 위한 전문교육과정, 시장 · 군수 후보자양성과정인 고급간부양성반, 시 · 군의 과장급 양성과정인 중견간부양성반 등이 있었다.
이 밖에 각종 특별교육과 민간인에 대한 정신교육을 수탁, 실시하고 있었다. 지방행정에 관한 연구활동은 각종 세미나 주관, 국제협력, 선진외국의 각종 자료 및 정보의 입수관리와 보급, 그리고 공무원의 교육발전을 위한 연찬활동 등을 실시하였다.
1998년 내무부와 총무처가 통합하여 행정자치부가 탄생함에 따라 1999년 1월 국가전문행정연수원으로 확대개편되었다. 자치행정연수부, 교육행정연수부, 건설교통연수부 등 6개 부처 교육기관을 통합하였다. 2005년 1월 자치인력개발원으로 개편하였는데, 이때 교육행정연수부, 농업연수부, 건설교통연수부, 국제특허연수부, 통계연수부를 다시 소관부처로 이관하였다. 1년 뒤인 2006년 1월 지방혁신인력개발원으로 개편하였고,다시 2008년 2월 29일 지방행정연수원으로 개편하였고 2013년 8월 전북특별자치도 완주군 이서면 반교로 150번지로 신축이전하였다가, 2017년 7월 지방자치인재개발원으로 개편하여 현재에 이르고 있다.