1931년 8월 2년제 정산공립농업보수학교로 설립되었다. 1944년 4월청양공립농업전수학교로 교명이 변경되면서 정산에서 현재의 위치로 이전하였다. 1946년 9월 3년제 청양공립초급중학교로 개편된 뒤 1947년 9월 6년제 청양공립농업중학교로 다시 개편되었다. 1951년 9월 학제 변경에 따라 청양중학교와 청양농업고등학교로 분리·개편되면서 농업과와 축산과 각 1학급씩 2개 학급으로 편성되었다. 1955년 임업과를 신설하고 1961년 이후부터 남녀공학으로 운영하였다.
1972년 농업가정과를 신설하여 4개 학과에 12학급으로 편성되었다. 1975년 농촌기계화 추세에 따라 농업기계과를 신설하고 1977년 농업가정과를 폐과하였으며, 1982년 농업기계과를 폐과하고 농업토목과를 신설하였다. 1987년 농업과를 폐과하고 원예과를 신설하였으며, 1993년 임업과·농업과를 폐과하고 농업기계과·식품가공과를 신설하였다. 1994년에 농업토목과를 폐과하고 전자과를 신설한 후 학교 명칭을 청양농공업고등학교로 변경하였다. 1995년 축산과를 폐과하고 전자과를 증설하였다. 2004년 6월에 학칙변경으로 15학급이 되었다. 2009년 3월 1일 청양고등학교로 통폐합하여 새롭게 개교하였다.
2010년 현재 특수 1학급을 포함하여 식품가공과·식물자원과·산업기계과·컴퓨터전자과 4개 학과에 13학급이 설치되어 재학생 434명이 있으며, 교원 29명과 행정 직원 8명 등 총 37명의 교직원이 재직 중이다.
‘지성, 근면, 협동’을 교훈으로 삼아 ‘안정과 풍부한 정서로 바르게 행동하는 도덕인, 참여와 소통으로 책임과 자율을 실천하는 자주인, 잠재력 계발을 통해 자아를 실현하고 사회에 기여하는 창의인, 전문직업 기능 연마로 미래사회를 선도하는 전문인’을 교육목표로 하고 있다. 특색사업으로는 ‘지역특산물 동충하초 재배를 통한 학교기업 경쟁력 제고, 맞춤형 독서교육을 통한 자기주도적 학습능력 신장, 교육사랑 A/S운동 활성화와 지역 연계 활동을 통한 인성, 진로 상담 강화’ 프로그램 등이 운영 중이다.
학생활동으로는 1950년대 말 배구부가 창설되어 여러 차례의 도규모대회 및 전국규모대회에서 우수한 성적을 거두었고, 여러 명의 국가대표 선수를 배출한 바 있다. 1980년 정부의 농고자립체제추진계획에 따라 제2농장과 과수원 등 실습포장을 마련하여 실습교육중심으로 선진 영농인 육성에 주력하고 있다.
1986년 이후 향토학교우수교, 농업교육종합심사우수교, 새마을교육우수학교 등으로 10여 회 이상의 교육감 표창을 비롯, 문교부장관과 국무총리 표창 등을 수상한 바 있으며, 매년 실시하는 영농학생전진대회에서 종합우승을 하는 등 영농기술연마에 주력하고, 공업계열의 기능연마에도 노력하여 충청남도 컴퓨터 경진대회에서 우수한 성적을 거두었다.
1996년에는 온라인 통신학교를 개설하여 정보화사회에서 필수적인 컴퓨터 통신 이용 기술연마에 힘쓰는 등 미래사회에 적응하는 2세 교육을 위해 힘쓰고 있다.