1957년 1월 농림부농지국·대한수리조합연합회·학계 등의 관련기술자와 학자들이 모여 창립총회를 개최하고 대한농업토목기술협회의 명칭으로 발족하였으며, 1963년도 정기총회에서 대한농업토목학회로 명의를 변경하였고, 다시 1969년 4월 정관개정과 더불어 한국농공학회로 개칭하였다.
1999년 12월 현재 정회원 1,627명, 단체회원 95개를 보유하고 있으며, 그동안의 업적으로서 학회지발간 141권, 연구논문발표, 학술강연, 기술자문, 기술서적 편찬과 학회지 합본철 발간 등이 있다. 기구는 이사회와 10개 전문분과위원회로 구성되어 있다. 사무소는 서울특별시 강남구 역삼동에 있다.