1957년 1월 농림부농지국 · 대한수리조합연합회 · 학계 등의 관련기술자와 학자들이 모여 창립총회를 개최하고 대한농업토목기술협회의 명칭으로 발족하였으며, 1963년도 정기총회에서 대한농업토목학회로 명의를 변경하였고, 다시 1969년 4월 정관개정과 더불어 한국농공학회로 개칭하였다.
학술지인 한국농공학회지를 발간하고 있으며, 1) 농업공학에 관한 조사․연구, 2) 농업 기술개발 및 성과의 보급, 3) 농업공학에 관한 기술교류와 기술지도, 4) 농업공학에 관한 정보교환과 자료수집, 5) 정부 및 관련단체가 시행하는 사업에의 참여 및 협력, 6) 학술강연, 7) 농업 기술자문 등 농업공학에 관한 학문의 연구와 기술의 발전을 도모하고 있다.
2025년 현재 농수산 식품부 등 9개의 국내 기관, 중화인민공화국 농업공정학회 등 4개의 국외기관과 협력하고 있다. 사무소는 서울특별시 강남구 테헤란로에 있는 과학기술회관에 있다.