농업공학에 관한 학문의 연구와 기술의 발전을 도모하여 농업인의 복지 향상에 이바지하고 회원 상호 간의 친목과 권익신장을 목적으로 1957년 1월에 설립되었다.
1957년 1월 농림부 농지국, 대한수리조합연합회, 학계 등의 관련 기술자와 학자들이 모여 창립총회를 개최하고 대한농업토목기술협회로 발족하였다. 1963년 2월 정기총회에서 대한농업토목학회로 명칭을 변경하였다. 다시 1969년 4월 정관 개정과 더불어 한국농공학회로 개칭하여 오늘에 이르고 있다.
2024년 9월 현재 정회원은 3,014명, 단체 회원은 19개이며, 그동안의 업적으로서 한국농공학회지[『전원과 자원』] 264권 발간, 연구논문 발표, 학술 강연 개최, 기술 자문, 기술 서적 편찬, 논문집과 학회지의 합본철과 온라인 발간, 뉴스레터 제작 등이 있다. 기구는 이사회와 13개 전문분과위원회로 구성되어 있다. 또한 2003년 3월 일본 교토에서 한국, 일본, 대만의 농공학회가 공동으로 국제 학술 논문집을 발간하기로 하였으며, 이에 따라 『논과 물 환경[Paddy and Water Environment]』을 발간하고 있다. 한국농공학회는 서울특별시 강남구 역삼동에 있다.
기후변화 대응 · 적응, 탄소중립을 위한 스마트농업, 농업 분야 수재해 대비 · 복구, 수질 · 수생태 환경보전 등과 통합물 관리 시대에 따른 지속적이고 효율적인 농업용수 관리에 관한 학술 및 기술 활동을 수행한다.