1981년 11월 「한국원호복지공단법」에 의하여 한국원호복지공단으로 발족하였으며, 1985년 1월 법률명칭의 개정으로 한국보훈복지공단으로 이름이 변경된 뒤 2001년 1월에 다시 한국보훈복지의료공단으로 변경되었다.
「독립유공자예우에 관한 법률」, 「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」, 「보훈보상대상자 지원에 관한 법률」, 「5·18민주유공자예우에 관한 법률」, 「참전유공자예우 및 단체설립에 관한 법률」, 「고엽제휴유의증 환자지원 및 단체설립에 관한 법률」, 「특수임무유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률」 및 「제대군인지원에 관한 법률」의 적용대상자에 대한 진료와 중상이자에 대한 의학적·정신적 재활 및 직업재활을 행하여 자립정착을 도모하고 복지증진에 기여하는 것을 목적으로 설립하였다.
주요사업은 국가유공자 등의 ① 진료, 건강관리, 보호 및 의학적·정신적 재활, ② 국가유공자 등 단체의 운영지원, ③ 주거환경개선사업, 복지시설의 운영, ④ 참전 군인 등의 질병에 대한 조사·연구 ⑤ 그 자녀의 학비지원, ⑥ 호국정신 함양 및 보훈정책연구, ⑦ 각호의 사업수행을 위한 수익사업 및 부대사업, ⑧ 보훈기금 증직사업 등 국가보훈처장이 위탁하는 사업 등이다.
보훈병원에서는 국가유공자 본인은 국비로 진료하고, 유가족은 감면 진료혜택을 주고 있다.
2018년 현재 공단 조직은 이사장, 기획·관리·사업의 이사 및 감사가 있고, 4실 16개부가 있다. 복지사업으로 보훈요양원·보훈교육연구원·보훈원·보훈휴양원·보훈재활체육센터를 운영하고 있다.
서울(중앙)·부산·대구·광주·대전·인천에 보훈병원이, 수원·광주·김해·대구·대전·남양주에 보훈요양원이 있다. 공단 직원은 2018년 현재 정규직이 4,040여명, 무기계약직이 814여명이 된다. 정부의 공공기관 지방 이전 계획에 따라 2013년 12월에 원주혁신도시(강원도 원주시 혁신로 40)로 이전하였다.