1952년 5월 13일 강태국(康泰國)이 그리스도 정신으로 인류사회 및 교회 발전에 공헌할 중견 지도자 양성을 목적으로 한국성서학원으로 설립하였다. 1955년 4년제 각종학교로 인가되면서 한국성서학교로 교명을 변경하고, 성서학과와 기독교사회사업과를 설치하였다. 1963년 기독교교육학과를 신설하였고, 같은 해 12월 학교법인 한국복음주의학원이 설립되어 운영을 맡게 되었다.
1967년 지역사회개발학과, 1980년 외국어학과, 1982년 종교음악과를 신설하고, 1983년 12월 한국성서신학교로 개칭하였다. 1984년 12월에 4년제 대학 학력인정학교로 인가되었고, 1996년 한국성서대학교로 교명을 변경하였다. 1998년 사회교육원을 개원하고, 1999년 일반대학원ㆍ신학대학원, 2002년 사회복지대학원, 2003년 보육대학원을 설치하였다.
교훈은 ‘일립(一粒)’이다. 성서에 입각한 기독교 신앙의 복음주의 교리를 고수하여 사명을 완수할 수 있는 초교파적 교역자 양성을 목표로 교육활동을 전개하고 있다. 중국 연변과학기술대학교, 몽골 셀룰렉대학교(Serruleg University)와 교류협정을 맺고 학술교류, 학생교류 등을 시행하고 있다. 20여 개의 전도반이 활동하고 있고, 5월에 밀알축전을 열고 있다.
2009년 현재 4개 대학원, 5개 학부에 학부생은 1,012명, 전임교원은 31명이 있다. 부속기관으로 생활관ㆍ평생교육원ㆍ포천밀알훈련센터 등이 있고 부설연구기관에 일립신학연구소ㆍ사회과학연구소ㆍ인터넷신기술연구소가 있다.