수산학과 이와 관련되는 학문연구를 통하여 수산학 발전에 기여하며, 회원 상호간의 친목을 도모할 목적으로 몇몇 유지들이 중심이 되어 1955년 부산에서 설립되었다.
그러나 설립된 뒤 실제적인 활동이 없다가 1967년에 이르러서야 초대회장이 선출되고, 본격적인 활동을 전개하였다. 매년 2회 학술발표회를 가졌으며, 그 내용은 주로 수산학을 발전시키기 위한 연관 기초학문의 이론과 수산학의 응용기술에 관한 것이었다.
1968년부터 매년 4회씩 ≪한국수산학회지≫를 간행하던 것을 1984년부터는 격월간으로 증간하여 발간하고 있으며, 1981년에 사단법인체 등록을 마쳤고, 산학협동 체제강화로 유관업체 견학 및 간담회를 통하여 수산기술의 발전과 보급을 추진하여왔다.
정회원 자격은 학회의 목적에 찬동하고, 법인이 대상으로 하는 영역 또는 이와 관련 있는 영역에 대한 전문지식·기술·경험을 가진 자로서 이사회의 승인을 얻어야만 한다.
그 밖에 학생회원·특별회원·단체회원·명예회원·종신회원제가 있다, 회원총수는 1989년 520명이었고, 1999년 말 현재 학회지는 32권 4호까지 내었다.