수산학과 관련된 학문연구를 통하여 수산학 발전에 기여할 목적으로 몇몇 유지들이 중심이 되어 1955년 부산에서 설립되었다. 그러나 설립된 뒤 실제적인 활동이 없다가 1967년에 이르러서야 초대회장이 선출되고, 본격적인 활동을 전개하여, 1968년에 ≪한국수산학회지≫를 창간하였다.
1981년에는 '한국수산학회'를 설립하여 사단법인으로 등록하였고, 1998년에는 영문 학술지 Journal of Fisheries Science and Technology(ISSN 1226-9204)를 창간하였다.
2003년에는 국문 학술지 ≪한국수산과학회지≫와 영문 학술지가 한국연구재단 등재학술지에 선정되었다. 영문학술지는 SCOPUS에도 등재되었다. 2004년에는 '한국수산자원학회'와 통합하였고, 2009년에는 '한국양식학회'와 통합하고 학회명칭을 '한국수산과학회'로 변경하였다. 그리고 국문 학술지 ≪한국수산과학회지≫와 영문 학술지 Fisheries and Aquatic Science(FAS)를 발간하기 시작하였다.
2021년에는 근현대수산과학연구 100년을 기념하여 "Gathering Science and Technologyh for a New Future"를 주제로 국제학술회의를 개최하였다. 2024년에는 한국수산과학총연합회와 공동으로 "Application of Artificial Intelligence and Big Data in Fisheries Science"를 주제로 국제학술대회를 개최하였다. 2025년에는 학회 창립 70주년을 기념하여 제주도에서 국제 학술대회를 개최하였다.
수산학을 발전시키기 위한 연관 기초학문의 이론과 수산학의 응용기술에 관하여 매년 학술대회를 개최하고 있으며, 국문 학술지 ≪한국수산학회지≫와 영문학술지 FAS를 간행하고 있다. 사무소는 부산광역시 남구 부경대학교에 있다.