물에 대한 이해와 물의 응용과 관련되는 학문의 발전을 기하고, 회원 상호간의 친목을 도모함을 목적으로 정의석(鄭義石) 등이 중심이 되어 1967년 서울에서 설립하였다. 설립 당시에는 한국수문학협회라 하였으나 1972년 5월에 한국수문학회로 개명하였으며, 1995년에는 다시 한국수자원학회로 명칭을 바꾸었다.
협회의 기관지로 1968년 6월≪물≫을 창간, 연 1회씩 발간해 오다가 1969년부터 ≪물의 과학≫으로 개칭, 연 2회 간행하였으며, 1980년에 다시 ≪한국수문학회지≫로 개칭, 연 4회로 발행하였다. 1996년에 ≪한국수자원학회지≫로 명칭을 변경하면서 연 6회로 발행 횟수를 늘려 1998년 8월 현재 통권 제105호가 발간되었다. 1963년 이래 1998년까지 40회의 학술발표회를 개최하였으며, 91건의 연구용역 사업을 수행하였다.
한편, 1977년 아르헨티나에서의 국제연합수자원회의, 1979년 소련의 레닌그라드에서 열린 ‘수자원사업을 위한 수문학 계산의 구체적 면모에 관한 국제심포지엄’에 대표를 파견하는 등 국제학술대회 참가를 통하여 학술교류를 도모하였으며, 제4회 국제 물과학·공학회(4th International Conference on Hydroscience and Engineering)를 2000년 7월 서울에서 개최하기로 하였다.
국제수문학회·국제측지 및 지구물리학연맹 한국위원회·세계기상기구·국제수리학회·한국기상학회 등과 긴밀한 유대를 맺고 학술 향상을 위하여 공동 노력하고 있다.
학회 회원은 정회원·준회원·자료회원·특별회원으로 구성되어 있는데, 정회원 자격은 물 관련 학문을 전공한 자 및 수자원을 이용한 사업에 종사하는 자이며, 자료회원은 도서실 및 자료실을 운영하고 있는 단체이고, 특별회원은 물 관련 업무를 관리하는 기관 및 단체이다.
1998년 현재 정회원 총수는 1,295명이며, 자료회원은 89단체이고, 특별회원은 10단체이다. 학회의 사무실은 서울특별시 송파구 신천동 한신오피스텔에 있다.