어류에 관한 연구를 장려하고 그 지식의 향상과 보급을 도모하여 학술문화 발전에 기여하기 위하여 1989년에 설립되었다.
정기총회는 매년 가을에 학술발표회와 함께 국내외 특별 연사 및 학위 취득자를 초청하여 강연회를 개최하며, 봄에는 임시총회와 학술발표회를 개최하면서 이사회나 임원회 결의를 거쳐 정한 주제에 따라 심포지움을 병행하여 왔다.
학회지는 1989년 1권부터 1999년 11권까지는 매 6월과 12월에 2회에 걸쳐 발간하였으나, 2000년 12권부터는 3·6·9·12월의 연 4회 발간하고 있다. 학회지에는 주로 우리 나라 해산어류와 담수어류에 관한 분류와 계통, 형태와 생리, 유전과 발생 및 생태와 행동에 관한 새로운 연구 결과가 발표되고 있다.
학회지에는 우리 나라 어류의 많은 신종이 기재되고 미 기록종이 발표되었으며, 초기 발생과 생활사 등이 보고된 논문이 많이 실리게 되었다. 그리고 각 회지에는 학술발표회의 요약문과 회원들의 해외 학술발표회 및 연구소 참관내용을 보고하고 있다.
1999년 학회 창립기념식을 겸한 추계 정기총회 및 학술발표회에서는 ≪어류학용어해설≫에 관한 책이 발간되었다. 또한, 학회지에 발표된 논문 중 1편을 선정하여 이사회에 승인을 받아 우수 논문상을 시상한다.
어류학회의 주요 사업은 어류와 관련된 학술 연구발표회, 토론회, 강습회 개최, 학술지, 도서 및 회보의 간행과 배포, 국내외 관련 학회와 상호연락 및 협력활동, 어류학의 조사연구와 이들의 장려 및 공적 표창 등이다. 학회 사무실은 제주대학교 해양학과에 있다.