학회의 시작은 1955년 6월 27일 부산수산대학 어로학과 학생회가 발족되어 처음에는 어로학과회, 그 다음 어로학회라 칭하였으며, 1960년에는 《어로학회지》를 발간하기 시작하였는데, 이 때 학회지의 이름은 《경양(耕洋)》이라 하였다. 1965년에는 부산수산대학 어로학회에서 《어업기술연구》라는 학회지를 발간하기 시작하였다. 1968년 《한국수산학회지》가 창간호를 발간하였다.
한국어업기술학회(The Korean Society of Fisheries Technology)는 1969년 전국 수산계 대학 어업학과 교수, 수산계 고등학교 교사, 수산청과 국립수산과학원(구, 국립수산진흥원) 재직 연구원 등이 발기하여 창립되었다. 초대 회장은 장지원 교수가 추대되었다. 이에 따라 학회지명도 “어업기술연구”라고 하였다.
1995년에는 학회지명을 《한국어업기술학회지》로 변경하였고, 2006년에 한국연구재단 등재학술지로 선정되었다. 2018년에는 학회명을 '한국수산해양기술학회'로 변경하였고, 학회지도 《수산해양기술연구(Journal of the Korean Society of Fisheries and Ocean Technology)》로 변경하였다. 2018년에는 한국수산과학총연합회(KOFFST)와 공동으로 국제학술회의를 개최하였다. 2021년과 2022년에는 KOFFST International Conference 국제학술회의를 개최하였다.
학회지는 《수산해양기술연구》를 발행하고 있다. 그 밖에 연1회 이상 심포지엄 및 산학협동강연회를 개최하여 어업 종사자들에게 새로운 어구 · 어법의 지식을 보급하고 있다. 현재는 수산업협동조합의 협조를 얻어 각종 어구 · 어법에 관한 해설 및 개량을 위한 기술서의 출간을 준비하고 있다. 학회 사무소는 부산광역시 부경대학교 수산과학대학에 있다.