나바위 본당은 1897년에 설정되었고, 초대주임으로 베르모렐(Vermorel, J.)신부가 부임하였다. 베르모렐 신부는 처음에 용안군 안대동 공소에 거처하다가, 1897년 7월에 화산 아래에 있는 김여산의 집과 부속 건물 매입하고 나바위에 정착하였다. 이후 성당을 세울 계획을 세우고, 1906년에 공사를 시작하여 1907년에 완공하였다.
한양절충식(韓洋折衷式)의 이 성당은 당초에는 순수한 목조건축이었는데, 정면 5칸, 측면 13칸의 크기에, 정면과 양측면의 툇간이 마루로 되었고, 정면 중앙에 목조종탑(木造鐘塔)과 십자가가 있었다.
1917년에 증축하면서 목조종탑을 없애고 고딕식 벽돌조 종각(鐘閣)을 툇간에 덧붙여 증축하였으며, 이 때 목조로 된 벽을 헐고 벽돌로 쌓았고, 양 측면 툇간의 마루를 없애고 회랑(回廊)으로 만들었다.
그 뒤 두 차례의 개수를 거쳐 오늘날의 모습을 갖추었는데, 얼핏 보아 19세기 중엽부터 보이기 시작한 한양절충식의 2층 상가건물과 비슷하고, 정면 종각의 입면은 순수한 고딕식은 아니다.
그러나 전혀 상이한 양식의 한식 건물의 합각머리에 붙여 지은 것이 본건물과 조화를 이루어 서양식 성당의 장중함이나 이질감보다는 인간적인 친근감을 느끼게 한다.
이 성당에는 1954년에 건립된 베르모렐 신부의 공훈기념비와 1955년에 건립된 김대건신부의 순교기념비가 있어 전라도지방의 천주교사적지로 많은 신자들이 찾는 곳이다. 1987년에 사적으로 지정되었다.