1944년 6월 5일에 잠견공동판매소에서 4년제 보은공립농업학교로 개교하여, 1948년 4월 5일에 현재의 위치로 이전하였다. 1951년 8월 31일에 보은농업고등학교로 교명을 변경하였으며, 3년제로 학제를 개편하였다. 1979년 8월 27일에 자영농학과 1학급을 인가받았으며, 1985년 12월 6일에 자립목장을 준공하였다. 1990년 10월 18일에 보은농공고등학교로 교명을 변경하였으며, 화학공업학과 3학급을 인가받았다. 2001년 3월 1일에 보은자영고등학교로 교명을 변경하였으며, 시설원예학과 3학급과 식품가공학과 1학급을 인가받았다.
교훈(校訓)은 ‘자율·창의·성실’이고, 교목(校木)은 소나무이며, 교화(校花)는 개나리이다. 전 학생이 농업 CEO의 비전을 가지고 전액 장학금을 받음은 물론, 기숙사 생활을 하고 있다. 또한 2007년에는 농림부와 교육부, 충청북도교육청의 행·재정적 지원을 받는 농업특성화 고등학교로 지정되어 2년간 6억여 원을 지원받았다. 시설원예학과는 시설원예 분야에 관한 지식과 기술을 현장 중심으로 습득하여 시설원예 분야 및 관련 업무에 종사할 수 있는 지식과 기능을 기르기 위한 학과로서, 종자·시설원예·화훼·채소·과수·농업기계·조경·버섯·종묘·정보처리 기능사 등의 자격증을 취득할 수 있다. 식품가공학과는 식품 가공에 관한 지식과 기술을 습득하여 식품 가공 분야 및 관련 업무에 종사할 수 있는 지식과 기능을 기르기 위한 학과로서, 제과·제빵·조리·농산식품 가공·축산식품 가공·식육처리·정보처리 기능사 등의 자격증을 취득할 수 있다.
2006년 12월에 충청북도 내에서 처음으로 여고부 세팍타크로팀을 창단하여, 1년 5개월여만에 ‘제19회 회장기 전국세팍타크로선수권대회’에서 여고부 3위를 차지하는 쾌거를 올렸다. 동아리로는 새싹채소반·보컬반·푸른나래반·전통요리반·누름꽃반 등이 있다.
2010년 3월 2일 현재 1∼3학년 공히 시설원예학과 3학급, 식품가공학과 1학급으로 되어 있어 총 12학급이고, 재학생 수는 275명이며, 교원은 총 41명이다. 2010년 2월 11일에 82명으로 제61회 졸업식을 거행하여 졸업생 82명을 배출하였으며, 지금까지 누적된 졸업생은 총 10,184명에 이른다.