1947년 12월 15일 부안중학원으로 개교하였으며, 1948년 3월 10일 현 교지에 목조와가 2동(75평)을 건립하여 이전하였다. 1953년 12월 30일 흥민원예기술학교를 설립하였고, 1961년 4월 10일 학교법인 은광학원을 설립하였다. 1961년 12월 30일 고창북중학교로 6학급 설립 인가를 받았다. 1988년 3월 9일 학교법인 중앙학원 이강수씨가 제10대 이사장으로 취임하였다. 이후 2003년 9월 5일 제18대 이왕연 교장이 취임하였다. 2008년 학교법인 중앙학원 이사장에 김길남씨가 취임하였다. 2009년 9월 1일 자율학교로 지정되어 운영되고 있다.
고창북중학교는 교육이념으로 “건강한 심신으로 바른 이성을 함양하며 자주적이고 창의적인 성실한 사회인을 육성 한다”를 내세우고 있다. 교육목표는 다음의 세 가지이다. 첫째, 인간의 존엄성과 공동체적 삶의 가치를 실현하는 애국인을 기른다. 둘째, 자율과 창의성에 바탕을 둔 자기 주도적인 면학인을 기른다. 셋째, 책임을 다하고 봉사하는 근검인을 기른다.
교훈은 ‘자아실현, 창조개척, 근검노작’이다. 학교를 상징하는 교목은 ‘소나무’이고, 교화는 ‘동백꽃’이다. 특색사업은 ‘생활외국어교육 활성화’, ‘한자교육’, ‘컴퓨터 활용능력 신장’이다.
2007년 고창북중학교 내 고창영어체험학습센터를 개원했다. 총 3억 2,600만원이 투입돼 고창북중학교 여유 교실 5칸을 리모델링해 건립한 것으로 원어민 강사와 함께하는 체험 중심의 교육 프로그램으로 운영되고 있다. 2009년 9월 1일부터 5년간 농어촌형 자율학교로 지정되었다. 또한 장군봉 장학회를 통해 학생들에게 장학금을 수여하고 있다. 2009년 11월 이왕연 교장의 재임기간에 축구부가 창단되었다.
고창북중학교는 현재 4학급으로 편성되어 69명의 학생이 재학 중이고, 교원 10명, 일반직 3명이 재직 중이다. 2009년 2월 11일 제59회 졸업식을 거행(북중학교 47회 31명)하였고, 총 졸업생 수는 7,333명에 이른다.