1948년 7월 군위농업초급중학교로 설립인가를 받아 초대 교장으로 이운학이 취임하였으며, 그 해 11월 군위농업초급중학교로 개교하였다. 1950년 6월 군위농업중학교로 개칭하였으며, 1951년 9월 군위중학교로 교명 변경하였다. 1953년 4월 군위농업고등학교 설립인가를 받아 군위농업고등학교가 개교하였다.
1972년 11월 농과가 폐지되고 1973년 12월 군위고등학교로 교명 변경하였다. 1974년 3월 군위여자중학교와 분리되었으며, 2009년 3월 군위중학교 9학급, 군위고등학교 12학급으로 남여 중고교를 통합하여 분리 운영하고 있다.
교훈은 ‘유능, 성실, 건강’이다. 교목은 히말라야시다이며, 교화는 국화이다. 『삼국유사』에 담겨 있는 전통 계승을 위하여 노력하는 학교로서, 바른 품성을 길러주는 인성교육, 건전한 생활실천 교육 강화, 창의력 개발 교육 강화, 미래사회를 개척할 적응력 신장, 쾌적하고 선진화된 교육환경 조성 등을 경영중점으로 하고 있다.
올바른 인성과 창의력을 지닌 인재를 육성하기 위하여 전체 교직원은 물론, 학생, 학부모 그리고 지역사회가 혼연일체가 되어 스스로 실천하는 인성교육, 개성을 존중하는 기본교육의 충실, 꿈을 키우는 탐구 체험활동 강화, 쾌적하고 선진화된 교육환경 조성을 위하여 노력하고 있다. 이를 위해 2002년엔 강당(예덕관)과 생활관(동산학사)을 준공하였으며, 2007-2008년엔 교원능력평가 선도(시범)학교를 운영하였다.
체육활동으로 육상부의 경보팀이 전국소년체전에서 우승하는 등 두각을 나타내고 있다. 또한 매년 지역 학교가 함께 펼치는 축제인 ‘화랑문화제’에 참가하고 있다. 2010년 3월 현재 9학급에 재학생은 258명이며, 교원은 22명으로 구성되어 있다. 2010년 2월 제61회 졸업을 하였고, 총 8,914명의 졸업생을 배출하였다.