1974년 1월 15일 부산혜성학교 설립인가를 받아 1974년 5월 8일 정신지체 초등부가 첫 입학식을 하였고, 1976년 3월 8일에는 지체부자유 초등부가 첫 입학식을 하였다. 1980년 3월 2일 정신지체 및 지체부자유 중학부를 개설하였고, 1980년 3월 5일 정신지체 및 지체부자유 고등부를 개설하였다. 1986년 3월 5일에는 정신지체 유치부를 개설하였다.
1989년 3월 2일 지체부자유부 대상 교육프로그램을 부산혜남학교로 분리하였다. 1997년 5월 1일에 전공과를 개설하였다. 1998년 11월 11일 본관을 신축하여 완공하였다. 2001년 3월 1일 특수교육 지원센터 연구학교를 운영하였다. 2008년 3월 1일부터 부산전환교육지원센터를 개소·운영하고 있다. 2010년 3월부터 1년간 부산광역시교육청 지정 특수교육 시범학교를 운영하고 있다.
‘능력과 적성을 계발하여 사회생활에 조화롭게 적응하는 사람을 기른다.’는 교육목표 아래, 교훈은 ‘스스로 할 수 있다’이고, 교목은 향나무, 교화는 영산홍이다. ‘스스로 생활하는 자주인, 부지런하고 성실한 근면인, 몸과 마음이 건강한 건강인, 소질을 키워가는 기능인, 사회생활을 바르게 하는 생활인, 아름다움을 가꾸는 정서인’을 기르는 것이 학교 경영방침이다.
방과후 학교, 부산남구장애인복지관과 연계하여 특수교육-복지 연계 일자리 사업, 1인 1특기를 길러 자기를 표현하며 조화롭게 살아가기 등을 특색사업으로 운영하고 있다. 특히, 나아가는 행복한 학교를 만들기 위하여 배우고 실천하여 자립하는 학생과 사랑과 열정으로 가르치는 전문인으로서의 교사상을 강조하고 있다.
2010년 4월 현재 37학급(유치 1학급, 초등학교 11학급, 중학교 11학급, 고등학교 14학급)으로 편성되어 있으며, 268명의 재학생과 77명(기간제 교사 5명 포함)의 교사로 구성되어 있다.