1917년 4월 10일 인천공립상업보습학교 설립인가를 받았다. 1946년 1월 25일 인천공립상업보습학교를 인수하고 1946년 9월 27일 인천해성초급중학교로 인가를 받았다. 1947년 9월 1일신흥동 교사로 이전하였으며, 1955년 4월 27일 인천해성공립고등학교 인가를 받았다.
1956년 6월 13일숭의동 교사로 이전하였으며, 1958년 7월 2일 인천남중고등학교로 교명을 변경하였다. 1972년 2월 28일 인천남고등학교를 폐교한 후 1997년 11월 24일 다시 인천남고등학교를 인가받고 1998년 3월 1일 재개교하였다.
교훈은 ‘실천하는 지성, 행동하는 양심’이며, 교목은 명예를 상징하는 주목, 교화는 사랑의 상징인 장미, 학교동물은 영특함을 상징하는 돌고래이다. 조화로운 인격의 함양, 창의적 능력, 진로의 개척, 공동체 발전에 공헌, 전통문화의 계승과 발전을 이루는 인재 양성을 목표로 학생들의 사람됨을 중시하고 학력향상을 위해 노력하고 있다.
방송부, 스카우트, 사진부 등의 활동이 이루어지고 있다. 축구부를 운영하고 있다. 2010년 3월 현재 33학급에 학생 1,090명, 교직원 91명이다. 2010년 2월 제52회 졸업식을 하였고, 총 6,402명의 졸업생을 배출하였다.