대한의사학회는 1947년 4월 30일에 창립되었다. 해방 이후 우리나라 기초의학 학회로는 4번째, 임상학회를 포함한 의학회 가운데서는 9번째로 창립되었다. 당시 서울대학교 의과대학 의사학교실에 재직 중이던 김두종이 중심이 되어 한국사학자인 이병도, 그리고 의학계의 원로이자 중진이던 윤일선, 최동, 이갑수, 박병래, 송석하 등이 창립발기인으로 참가하였다.
대한의사학회는 초기에 학술대회, 강연, 고의서 전람회 등의 학술활동을 하였지만 학문의 특수성과 희소성으로 인하여 학문의 저변이 넓지는 못하였다. 1970년대까지는 1년에 한 차례씩 학술대회를 열었지만, 1980년대에 들어와서는 학회의 활동이 침체되어 명맥만 유지되었다.
1991년에 학술대회를 부활하였고, 1993년부터 봄·가을 두 번의 학술대회를 개최하면서 기획 심포지엄, 워크샵, 월례발표회 등의 활동 또한 이루어지고 있다. 1992년에 학회지 『의사학(醫史學)』을 창간하였고, 1993년부터 연 2회 발간을 시작하였다. 2002년부터 『의사학』은 세계적인 의학관련 데이터베이스인 메드라인(Medline)에 등재되어 국제적인 인지도를 얻게 되었다.
2008년에는 국제적 인문학 논문인용색인인 A&HCI(Arts & Humanities Citation Index)에 등재되어 의학 학술지이자 인문학 학술지로서 국제적 위상을 높이게 되었다.