이 사찰은 신라 말에 도선(道詵, 827∼898)이 창건하였다고 전하나 이를 고증할 만한 문헌이나 유물은 없다. 현재 연화사가 위치한 지역을 미륵골이라 불러왔는데, 이러한 지역명의 유래는 사찰과 관련성을 갖는다. 절터만 남아 있는 상태였다가 1927년 여기서 석불입상 · 석불좌상 · 삼층석탑이 발굴되었다. 해방 직후인 1946년 절터에 새로 미륵전을 지었고, 1967년에는 비구니 남순임이 효기리라는 마을 이름을 따서 효기사(孝基寺)라 칭하였다. 1972년에 중창하였고 1977년 연화사로 사찰 명칭을 변경하였다. 1927년 발굴된 석불입상은 고려 초기의 작품으로 보이며 1984년 전라북도 문화재자료(현, 전북특별자치도 문화유산자료)로 지정되었다. 한편 석불좌상은 여말선초에 조성된 것으로 추정되는데 광배와 대좌는 없고 약함을 들고 있다. 유물들을 통해 볼 때 적어도 고려 초기부터 존재했던 사찰로 조선시대에 까지 그 명맥이 유지되었음을 살필 수 있다. 현재 남원의 외련산(外蓮山)에 있는 연화사는 한국불교태고종 소속의 사찰이다.