본관은 안동(安東). 자는 공택(公擇), 호는 기재(奇齋). 권상(權詳)의 증손으로, 할아버지는 권희맹(權希孟)이고, 아버지는 권응정(權應挺)이며, 어머니는 김엽(金燁)의 딸이다.
1544년(중종 39) 생원으로 별시문과에 장원급제하였다. 1545년(명종 즉위년) 부수찬으로 나숙(羅淑)·조언수(趙彦秀) 등과 더불어 언로의 개방을 청하였다. 이듬해에는 부교리로서 한두(韓㞳)·주세붕(周世鵬)과 함께 적서의 구별을 엄히 할 것을 주장하였다. 1547년 성균관전적이 되었다.
1552년에 홍문관부교리로서 경연시강관(經筵侍講官)을 겸직하였으며, 홍문관전한을 거쳐 춘추관기주관으로 『중종실록』 편찬에 참여하였다.
1554년(명종 9) 홍문관전한이 된 뒤 성균관사성(成均館司成), 1556년에 부응교를 거쳐, 이듬해 암행어사로 경기지방에 파견되었다.
그해 응교를 역임하고 시강관이 되었는데, 이때 인재의 보고(寶庫)라 할 남방교육의 진흥을 위하여 향교에서 교육받고 있는 자 가운데 나이는 많고 재주가 없는 자는 군액(軍額)으로 정하고, 나이 어린 자는 그 대상에서 제외할 것을 주장하였다. 같은 해 전한·직제학을 역임하였다.