본관은 행주(幸州). 자는 백로(伯魯), 호는 함재(涵齋). 할아버지는 기진(奇進)이고, 아버지는 기대승(奇大升)이며, 어머니는 충순위(忠順衛) 이임(李任)의 딸이다.
일찍이 진사시에 합격하고, 현감에 이르렀으나 사직하고 향리에서 학문연구에 힘썼다. 1592년(선조 25) 임진왜란이 일어나자 김덕령(金德齡)이 담양에서 의병을 일으킬 때 도유사(都有司)로 격문을 짓고 군사를 모집하였다.
그 결과 의병 1,000인과 군량미 3,000여 석을 확보하여 전라도 각지에서 왜군을 물리쳤다. 그 뒤 휘하 의병을 이끌고 바다를 건너 용만(龍灣)에 이르러 왕의 행재소에 나아가 시위하였는데, 왕의 총애를 크게 받아 형조정랑에 발탁되었고, 이어서 군기시첨정에 올랐다.