1989년 대전광역시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 조선 숙종 때의 거유 송시열(宋時烈)이 강학하던 유서깊은 곳으로, 낮은 야산 기슭의 계곡을 배경으로 남향하여 건립되었다.
경내의 입구에는 정면 3칸, 측면 2칸에 홑처마 팔작지붕으로 된 기국정이 있고, 뒤편 높은 곳에는 정면 4칸, 측면 2칸에 홑처마 맞배지붕으로 된 남간정사가 있다. 남간정사는 정면 4칸 중 중앙 2칸 통칸에 우물마루의 넓은 대청을 드린 후 그 좌측편에는 전후 통칸의 온돌방을 드렸다.
그 우측편에는 뒤쪽 1칸을 온돌방으로 하고 앞쪽 1칸은 온돌아궁이의 함실(函室 : 방바닥 밑에 직접 불을 때게 만든 방)을 설치하기 위하여 대청마루면보다 조금 높여 누마루로 꾸몄다. 대청에는 4분합 띠살문을 달았고, 온돌방에는 쌍여닫이 띠살문을 달아 출입하도록 하였다.
계곡의 물이 흐르는 대청 밑에는 장초석을 놓고 원형기둥을 세웠으며, 또한 건물의 네귀에는 활주(活柱 : 추녀 뿌리를 받는 가는 기둥)를 세워 길게 뻗은 처마를 받쳐 주고 있다.
기둥 상부에 건물의 내외방향으로 꽂혀 있는 양봉(樑奉)의 끝을 익공뿌리처럼 깎아 마치 초익공(初翼工)처럼 보이며, 지붕틀은 5량가구로서 겹처마 팔작지붕을 이루고 있다.
뒤편 기슭에서 흐르는 계곡 물을 건물의 대청 밑을 통해, 앞에 마련된 넓은 연당(蓮塘)에 모이도록 하여 경내의 운치를 한층 더해주고 있다. 남간정사는 조선시대 별당건축의 양식적인 측면과 함께 조경에 있어서도 독특한 경지를 이룬 것으로 의의가 크다.