본관은 영양(英陽). 자는 자여(自汝), 호는 구고헌(九皐軒). 아버지는 남대만(南岱萬)이며, 어머니는 안동권씨(安東權氏)로 권세택(權世澤)의 딸이다. 영해부(寧海府) 원구동(元邱洞) 출생. 남붕만(南鵬萬)에게 입후되었으며, 유장원(柳長源)의 문인이다.
남경조는 이상정(李象靖)에게서 수학하려 했으나 이상정이 세상을 떠나 뜻을 이루지 못하고 이상정의 학문을 이어받은 유장원으로부터 『대학(大學)』과 『중용(中庸)』을 배웠다. 남경조는 과거에 뜻을 두지 않고 경학을 깊이 탐구하였는데, 특히 『중용』과 『대학』에 정숙하였다.
윤득부(尹得孚)가 영해(寧海) 부사로 왔을 때, 그가 경학에 밝다는 소문을 듣고 『대학』의 의의(疑義: 의미나 내용 등이 분명하지 않은 것)를 질의하는 편지를 보냈으며, 그의 답서를 보고 탄복하여 스승의 예로서 대접하였다. 남경조가 41세로 세상을 떠나자 스승 유장원이 애사를 지어 애통하였다. 저서에는 『구고헌일고(九皐軒逸稿)』 2권이 있다.