1657년(효종 8) 지방유림의 공의로 안방준(安邦俊)의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다. 이 서원은 중앙의 정치적 변화에 따라 훼철과 복설이 거듭되었다. 1691년(숙종 17)에 안방준 사우에 대한 훼철이 결정되어 이듬해 능주의 도산사(道山祠)와 함께 훼철되었으나 그 뒤 1695년(숙종 21)에 이르러 복설되었다.
1704년(숙종 30) ‘大溪(대계)’라고 사액되어 사액서원으로 승격되었으며, 1780년(정조 4) 화재로 전소된 것을 1784년에 중건하였다. 그 뒤 흥선대원군의 서원철폐령으로 1868년(고종 5)에 훼철되었다. 현재는 사단법인 은봉선생기념사업회에서 2012년 11월 같은 자리에 대계서원을 복설하여 조문사, 숭도문, 서원격치재, 은봉유물전시관 등이 들어서 있다.