조선시대 호조의 소속기관으로 판적사(版籍司)·회계사(會計司)·경비사 등 3개의 사로 분장되었다. 이 3개의 사(司)는 정랑이 맡았는데, 별영색은 경비사의 한 부서로 중기에 신설되었다.
즉, 1595년(선조 28)에 훈련도감(訓練都監) 군사의 급료(給料)를 지급하는 임무를 수행하였다. 이 해 훈련도감의 급료를 관리하는 별영(別營)이 한성의 용산(龍山)에 설치되었는데, 이 때 별영색은 오직 훈련도감 군사 급료의 지급만을 전담하였던 부서였다. 이 후 이 제도의 변혁은 『속대전』과 『대전회통』에 법제화되었다.