대한불교조계종 직할교구 조계사(曹溪寺)의 말사이다. 1028년(현종 19)에 창건하였으며, 그 뒤 폐허화된 것을 1395년(태조 4) 담화(曇華)가 태조의 명으로 중수하였다.
1674년(현종 15)에는 현종이 공주 명혜(明惠)와 명선(明善)의 명복을 빌기 위해 공주의 능 근처에 있던 이 절을 중창하게 하였는데, 당시의 역사를 맡은 승려는 금강산의 일축존자(日竺尊者)였으며, 중창한 뒤 봉국사라고 하였다.
1924년에 두창(斗昌)이 중수하였고, 1932년에는 주지 춘성(春城)이 서울 삼청동에 부속암자를 만들었다. 그 뒤 퇴락되어 폐허화된 것을 1958년에 비구니 법운(法雲)이 중수하였고, 1967년에는 혜성(慧星)이 삼성각(三聖閣)을 신축하였으며, 1969년 4월에는 요사채를 신축하였다.
1974년에는 완전 해체, 복원하였고 목조 본존불(本尊佛)을 개금(改金)하였으며, 1977년 5월에는 삼층석탑과 석등을 조성하면서 부처님의 진신사리(眞身舍利)를 봉안하였다. 이 진신사리는 태국에서 가져온 3과 중 1과로서 수정함(水晶函) · 금함(金函) · 자기(磁器) · 대리석함(代理石函) 등에 차례로 넣어 불경과 함께 삼층석탑에 봉안되었다.
현존하는 당우로는 대광명전과 삼성각 · 요사채 등이 있다. 1980년 경기도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 봉국사 대광명전은 연대가 분명한 조선 후기의 건물로서 국가유산의 가치가 크다. 또 대광명전 안의 목조아미타여래좌상은 그 조형기법으로 보아 고려 때의 것이라는 설도 있으나 확실하지는 않다.