본관은 파평(坡平). 자는 현세(顯世), 호는 지산(芝山). 윤섭(尹燮)의 증손으로, 할아버지는 윤지함(尹之諴)이다. 아버지는 이조좌랑 윤엄(尹儼)이며, 어머니는 예조판서 김주(金澍)의 딸이다. 형 윤민헌(尹民獻)과 같이 성혼(成渾)의 문인이다.
1588년(선조 21) 생원·진사 양시에 합격하고, 1595년 별시문과에 병과로 급제하여 성균관전적을 지냈다. 1601년 병조좌랑을 역임한 뒤 이어 예조좌랑이 되고 다음해 사헌부지평으로 세자시강원문학을 겸직하였다.
이 때 정인홍(鄭仁弘)이 이미 죽은 성혼의 관작을 추탈할 것을 음모하자 스승의 신구(伸救)를 상소하다가 수원판관으로 좌천되었다. 1603년 예조정랑이 되고, 다음해 개성부경력(開城府經歷)을 역임한 뒤 합천군수에 임명되었으나 취임하지 않았다.
1609년(광해군 1) 성균관전적으로 춘추관기사관을 겸직하면서 『선조실록』의 편찬에 참여하였고, 1618년 동래부사가 되었다. 1627년(인조 5) 관직을 사임한 뒤로는 고향에서 수년 동안 한거하다가 죽었다.