본관은 파평(坡平). 자는 여회(汝晦). 장령(掌令) 윤배(尹培)의 증손으로, 할아버지는 현감 윤사은(尹師殷)이다. 아버지는 동지성균관사(同知成均館事) 윤탁(尹倬)이며, 어머니는 현령 한사신(韓士信)의 딸이다.
1525년(중종 20) 무과에 급제한 뒤 여러 관직을 역임하였다.
내직으로는 호조정랑·사복시판관 등을 거쳐 승정원동부승지에 이르렀고, 외직으로는 영천군수·정주목사·안동부사·경기수사를 거쳐 호서의 병마사를 역임하였다. 윤원형(尹元衡)의 간악함이 심해지자, 청조(淸操)한 성품인 윤선지는 가까이 하였던 것을 부끄러워하여 절교하였다.