본관은 청주(淸州). 자는 자명(子明), 호는 지헌(芝軒). 안동 출신. 아버지는 사섬시첨정 정두(鄭枓)이며, 어머니는 안동권씨(安東權氏)로 권식(權軾)의 딸이다. 7세 때 김언기(金彦璣)에게 수학하였으며, 10세 때는 구봉령(具鳳齡)에게 옮겨서 배우다가 1561년(명종 16) 이황(李滉)의 문하에 들어갔다.
1568년(선조 1) 진사시에 합격하였다. 1587년 태릉참봉(泰陵參奉)에 제수되었다. 1589년 관직을 사퇴하고 낙향하였다가 1591년 다시 집경전참봉(集慶殿參奉), 내자시(內資寺)의 봉사·주부를 거쳐 양구현감으로 나갔다가 낙향, 학문 연구에 힘썼다.
1596년『역학계몽질의(易學啓蒙質疑)』를 썼고, 이듬해 창녕의 화왕산성(火旺山城)에 가서 곽재우(郭再祐)와 같이 의병활동에 가담하였다. 1731년(영조 7) 옥계서원(玉溪書院)에 제향, 그 뒤 철향(撤享)되었다가 1779년(정조 3) 학암리사(鶴巖里祠)에 제향되었다. 저서로는 『지헌문집』·『역학계몽질의』 등이 있다.