단위학교의 교육자치를 실현하고 지역의 실정과 학교 특성에 맞는 다양한 교육을 창의적으로 실시하기 위하여 교육개혁의 일환으로 도입된 제도로서 1996년도부터 시지역 소재 학교부터 적용하기 시작하여 1998년까지 읍·면지역까지 확대실시하였다.
설치범위는 국·공립학교는 반드시 학교운영위원회를 설치하도록 규정하고 있으며 사립학교의 경우는 학교운영위원회 설치 여부를 자율적으로 결정하도록 하고 있다.
위원회의 구성은 학부모, 학교장을 포함한 교원, 지역사회인사(교육행정기관, 교육전문가, 동문대표, 기업인 등)의 고른 참여를 원칙으로 하고 있다.
위원 정수 및 구성비율은 학교규모, 지역특성, 학교급별, 계열을 고려하여 해당 학교의 운영규정으로 정하도록 하고 있는데 위원의 정수는 7∼15명, 구성비율은 학부모 40∼50%, 교원 30∼30%, 지역사회인사 10∼30%로 하고 있다.
위원의 자격은 학부모로서 공무원의 결격사유에 해당하지 아니하는 자이어야 하며 학생의 졸업, 전학, 불참회수가 많은 경우에는 당연퇴직하도록 되어 있다. 위원의 선출방식은 학부모위원의 경우 학부모가 직접 또는 간접 선출하도록 하고, 교사위원은 교원 전체회의에서 직접 투표로 선출하게 되어 있다.
그리고 지역위원은 학교장과 학부모위원 및 교사위원이 협의 선출한다. 위원의 의무는 무보수 봉사직이며 위원의 임기는 2년으로 하고 1회에 한하여 연임이 가능하도록 규정하고 있다.
학교운영위원회는 학교현황 및 규정의 개정, 교육과정의 운영방법, 교과용 도서 및 부교재의 선정, 정규학습시간 종료 후 또는 방학중 학생의 교육활동, 교복 및 체육복의 선정, 수학여행·극기훈련 등 학부모가 경비를 부담하는 사항, 학교운영지원비, 교육회계 등의 예산 및 결산, 교원(교장·교사)을 초빙하는 경우 그 추천대상자의 선정, 학교운영 등과 관련된 건의사항, 기타 학교운영에 관한 위원들의 제안 사항과 학교장이 심의 요청한 사항 등의 학교운영에 관한 사항을 심의하도록 되어 있다. 그 밖에 학교발전기금의 조성·운용·사용에 관한 사항을 심의 의결한다. 위원회의 구성과 운영에 필요한 사항은 국립학교와 사립학교는 대통령령으로, 공립학교는 대통령령이 정하는 범위 안에서 시도의 조례로 정한다. 다만 사립학교의 경우 기타 사항은 정관으로 정하게 되어 있다.
학교운영위원회의 회의는 정기회와 임시회로 구분하되, 연간 30일의 범위 내에서 학교운영위원회 규정으로 정하도록 하고 있다.
안건 발의는 학교장 또는 재적위원 1/3 이상의 연서로 가능하며 과반수의 출석과 과반수의 찬성으로 안건을 처리하되 학교장이 재심을 요구한 사항에 대해서는 재적위원 과반수 출석과 출석위원 2/3 이상의 찬성으로 처리하도록 하고 있다.
1996년학교운영위원회제도가 도입된 첫해의 경우 초등학교 2,666개 학교, 중학교 1,148개 학교, 고등학교 604개 학교, 특수학교 1개 학교, 총 4,419개 학교에서 설치 운영되고 있다. 이중에는 2개의 사립학교도 포함되어 있다.
학교운영위원회의 위원 구성을 살펴보면, 위원의 정수는 평균 11.9명으로 구성되어 있고 15명이 전체 학교의 22%로 가장 많다. 그리고 학부모위원이 45.7%, 교원위원이 37.4%, 지역위원이 16.9%로 구성되어 있다.
연령별로는 40대가 가장 많고 남녀 성별 비율은 55:45이나 학부모위원의 경우는 남녀 32:68이고 지역위원의 경우는 남녀 86:14로 구성되어 있다.
1999년 8월 초·중등교육법이 개정되어 2000년 3월부터는 사립학교에도 학교운영위원회의 설치가 의무화되었다.
학교의 자율성과 특성에 맞는 교육을 보장하고자 도입된 학교운영위원회는 2008년 현재 각급 학교의 중요한 심의의결기구로서 그 역할을 다하고 있으며, 학교의 제반사항에 관해 학부모와 자연스럽게 의사를 교환하고 협의하는 의사소통기구로서 자리 잡았다.