2011년 보물로 지정되었다. 성주사 대웅전에 봉안된 목조석가여래삼불좌상으로 세 불상 내부에서 모두 발원문, 개금중수발원문 등이 발견되었다. 발원문 기록을 통해 1655년에 제작되었고 1702년에 개금중수가 있었음을 알 수 있다.
목조석가여래삼불좌상은 석가여래, 약사여래, 아미타여래로 구성된 삼세불이다. 불상 내부에서 발견된 「창원웅신사신조불상시주기(昌原熊神寺新造佛像施主記)」에는 1655년 봄부터 제작을 시작하여 같은 해 가을에 조성공사를 마치고 복장 점안하였다고 한다. 화원(畵員)은 수화승(首畵僧)인 녹원(鹿元)을 비롯하여 지현(知玄), 찬인(贊印), 혜정(惠淨), 도성(道聖), 명신(明信), 긍성(肯聖), 명안(明眼), 학륜(學倫), 인종(印宗), 인신(印信) 등 11명이 참여하였다. 또한 중수개금기를 통해서 1702년에는 삼세여래의 개금불사가 있었고, 그 당시 사찰명은 창원 성주사로 쓰여져 있다. 처음 불상이 봉안되었던 웅신사와 개금불사가 있었던 성주사는 모두 경상남도 창원 불모산에 위치한 사찰로서 인근에 위치한 지리적 특성상 이운되었을 가능성이 높다.
목조석가여래삼불좌상은 넓은 이마에 턱이 좁은 갸름한 얼굴, 눈 두덩이가 두터우면서 긴 눈, 큰 귀, 신체에 비해 유난히 큰 손 등이 특징이다. 중앙의 석가여래상은 항마촉지의 수인에 변형 편단우견식 대의를 입었으며, 좌우의 약사여래상과 아미타여래상은 통견식 대의를 입고 한 손은 가슴 부위에 올리고 한 손은 다리 위에 놓아 엄지와 중지를 맞댄 수인 형식을 하였다. 이 삼세불상은 두꺼운 대의와 굵은 옷주름, 넓직한 대의 주름 등에서 양감과 힘이 있는 특징을 보이는데 이는 조각승 녹원의 특징이다.
조각승 녹원은 성주사 불상 이외에 1659년의 부산 기장 장안사 대웅전의 석조삼세불좌상이 남아 있다. 석조삼세불좌상은 2008년 부산광역시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었으나 2014년 지정 해제되었다.
17세기 경상도 일대에서 활동한 조각승 녹원에 의해 제작된 목조석가여래삼불좌상이다. 녹원의 가장 이른 시기 작품으로, 1659년 불석으로 제작된 기장 장안사 대웅전 석조삼세불좌상과 비교된다. 두 작품은 돌과 나무의 재료적 차이에서 오는 조형적 차이는 있으나 얼굴과 신체 표현 등에서 매우 비슷한 특징을 보인다. 성주사 불상은 조각승 녹원과 경상도 지역의 17세기 불교조각사 연구에 귀중한 자료이다.