2009년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 높이 76㎝ 무릎폭 50㎝, 부은사 석조아미타여래좌상은 불석으로 제작되었으며, 현재는 양 측면에 관음과 대세지보살상이 협시한 삼존불로 봉안되어 있다. 그러나 본존불과 보살상의 양식적 특징이 달라 원래의 삼존불 구성은 아닌데, 사찰측의 말에 따르면 원래 양산 포교당에 있는 같은 재질의 1688년에 제작된 관음보살좌상의 본존불이라고 한다.
부은사 아미타여래좌상은 머리를 앞으로 숙인 자세에 신체에 비해 무릎이 높은 편이다. 육계의 표현이 없는 둥근 머리에는 중간계주와 정상계주를 표현하였으며 나발은 작고 조밀하게 처리하였다. 오른손은 촉지인으로 무릎에 대고 왼손은 무릎에서 손바닥을 위로 향하여 중지와 약지를 구부려 설법인을 취하고 있다. 얼굴은 방형이며 가늘고 긴 눈과 짧은 코 등에서 독특하면서도 미소 띤 입술의 표현으로 부드럽고 온화한 인상을 풍긴다. 대의는 안에 편삼을 입은 변형 통견식이며 수평의 승각기를 입었다.
석조아미타여래좌상은 조선후기에 새롭게 등장하는 설법인의 수인과 앞으로 숙인 자세가 특징이다. 전체적으로 불석의 덩어리적인 느낌이 강조되었으며 독특한 얼굴 모습에 미소를 띄어 부드러운 인상을 표현하고자 하였다. 원래 함께 봉안되었다고 전하는 석조관음보살좌상이 1688년에 제작되었음이 밝혀져 이 여래상 역시 17세기 후반경에 만들어졌을 것으로 추정된다.