6.25전쟁 발발 이후 한반도에서 정치적·경제적인 이유 등으로 수많은 한인들이 일본으로 밀항했다가 체포되어 오무라 수용소에 구금되었다. 이들의 구금과 강제송환을 둘러싸고 일본정부, 한국정부, 재일한인단체 사이의 갈등이 빚어졌다. 특히 1952년 5월 일본 법무성이 한인 410명을 부산으로 강제송환 조치했는데 한국정부는 이 가운데 125명에 대한 접수를 거부하고 일본으로 돌려보냈다. 일본에 보내진 한인들을 법무성이 다시 구금하자 이들은 즉시 석방을 요구했고 재일한인 단체가 이들을 옹호하고 나서면서 일본정부와 마찰을 빚었다.
명칭은 임시수용소가 있는 나가사키현(長崎縣) 오무라시(大村市)의 지명에서 유래하였다. 주소는 나가사키현(長崎県) 오무라시(大村市) 古賀島町 644-3이다.
한국전쟁 직후 한반도에서 일본으로 밀항자가 속출하는 가운데 일본정부는 이들을 관리하고 수용하기 위해 1950년 10월 나가사키현(長崎縣) 하리오(針尾)에 수용소를 설치했다. 이어 그해 12월 오무라에 수용소가 설치되어 하리오 수용소의 기능이 이곳으로 이전되었다. 1993년 오무라 수용소의 명칭이 오무라 입국관리센터로 변경되었고 오늘날까지 계속 이어지고 있다.
일본의 3개 입국관리센터 가운데 하나인 오무라 입국관리센터는 오늘날 4층 건물에 800명을 수용할 수 있는 규모를 갖추고 있고 60명 전후의 직원들이 근무하고 있다. 일본에 망명을 신청한 외국인도 여기에 일시 수용되고 있다.