2013년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 높이는 49.5㎝, 발원문 크기는 세로 39.8㎝, 가로 152.5㎝. 발원문에 따르면 선지사 목조아미타여래좌상은 1605년에 조각승 원오(元悟), 충신(忠信), 청허(淸虛), 신현(信玄), 신일(神釼)에 의해 제작되었음을 알 수 있다. 복장 유물로는 범자기원문 2매, 발원문 1매, 경문 1매가 있다.
선지사 목조아미타여래좌상은 1605년에 제작된 상으로, 자세에 항마촉지인을 하고 있다. 그리고 신체에 비해 큰 머리를 가지고 있어 조선 후기 불상의 전형적 특징을 보여준다. 양 볼이 볼록한 얼굴에 눈 끝이 살짝 올라간 눈, 오뚝한 코, 엷은 미소가 보이는 작은 입술 표현이 전체적으로 이국적이면서도 온화한 인상을 준다. 밋밋하게 넓은 가슴에 밀착된 빈약한 오른팔, 다리를 따라 표현된 간결한 옷주름은 각민(覺敏)의 공주 동학사 목조불상(1605년) 등 17세기 초의 불상 특징과 유사하다. 대의는 오른팔이 드러나게 변형 편단우견식으로 입었는데, 일반적으로 조선 후기 아미타여래상은 오른팔을 드러내지 않고 양어깨를 덮은 변형 통견식으로 옷을 입는 것이 정형화 되어 있어 차이를 보인다.
이 불상을 조성한 원오(元悟)는 강원도 상원사 목조문수동자상 개금(1599년)에 처음 등장하며, 각민(覺敏)이 조성한 공주 동학사 목조불상 조성(1605년)에도 참여했으며, 수화승(首畵僧)으로 논산 쌍계사 목조삼세불좌상(1605년), 익산 관음사 목조보살입상(1605년) 등을 조성하였다. 17세기 전반에 활동한 각민(覺敏), 청허(淸虛) 등은 원오(元悟)의 계보를 잇는 조각승들이며 그들의 수장으로서 원오는 독자적인 유파를 이루면서 전라도와 충청도 지역을 중심으로 활동하였다. 유일하게 16세기의 활동 기록과 작품이 남아 있으며, 17세기 불교 조각이 16세기 불교 조각의 맥을 잇고 있음을 보여주는 중요한 조각승의 한 사람이다.
선지사 목조아미타여래좌상은 현존하는 4건의 원오(元悟) 제작 불상 중의 하나이며, 17세기 전반 불교도상 연구, 조각승 계보와 유파, 양식적 특징 등 조선 후기 불교 조각 연구에 귀중한 자료이다.