1999년 전라북도 유형문화재(현, 전북특별자치도 유형문화유산)로 지정되었다. 전체 높이 170㎝, 불상 높이 146㎝, 무릎 너비 104㎝. 김제 문수사 내 산신각 옆에 위치한 자연석 화강암에 얕은 선으로 부조해 새긴 마애여래좌상이다. 고려시대에 조성된 것으로 추정된다.
문수사 마애여래좌상은 문수사 내 산신각 옆에 자리한 화강암의 일부를 가공해 얕게 선각된 것이다. 암석은 뒷면도 비교적 평평하게 다듬어진 형태이며 조각은 앞면에서만 확인된다.
불상은 두 겹의 앙련(仰蓮)으로 구성된 연화대좌 위에 앉은 좌상(坐像)의 형태로, 광배는 따로 표현되지 않았다. 머리 부분은 소발(素髮: 민머리)로, 가운데 부분에는 육계(肉髻)가 봉긋하게 솟아 있다. 상호는 비교적 둥근 형태이고 눈은 길고 가늘게 표현되었다.눈썹과 이어지게 조각된 코는 큰 편이고, 좌우의 광대 부분이 상대적으로 두드러진다. 상호에 비해 어깨는 좁은 편이고 목에는 삼도(三道)가 두 줄만 확인된다. 착의법은 통견(通肩)으로 옷주름은 간략화 · 단순화 되었는데, 무릎 아래쪽으로 흘러내린 옷주름 역시 몇 가닥만 조각되었다. 수인(手印)은 몸 가운데 쪽으로 두 손을 모은 형태의 선정인(禪定印)으로 추정된다.
자연석을 이용해 얕은 선각으로 불상을 새긴 사례로, 원만한 상호와 소발의 머리 표현, 볼의 양감을 강조한 조각 수법 등은 고려시대에 조성된 마애불에서 확인되는 특징이다.