1999년 서울특별시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 높이 76㎝, 무릎 너비 58.2㎝. 좌우에 관음보살과 지장보살을 협시로 한 삼존불의 형태로 봉안되어 있는데, 가운데 본존 석불좌상을 제외한 좌우의 보살상은 근래에 조성된 것이다. 석불좌상은 두꺼운 불상 받침까지 한 돌로 깎은 형태이다. 석불좌상의 표면에는 호분이 두껍게 씌워져 있다. 1784년에 불상을 개금했다는 기록이 석굴 벽에 남아 있어 늦어도 1784년 이전에 조성된 상임을 알 수 있다.
불상이 봉안되어 있는 만월암은 신라 문무왕 때 의상대사가 창건했다고 전하지만, 창건과 관련한 기록 자료는 확인되지 않는다. 보덕굴(普德窟)이라는 참선굴로 알려져 오다가 1940년에 서광전(徐光前)이 중창했다. 법당과 만월보전은 2002년에 새로 지은 것이다.
석불좌상의 얼굴은 둥근 형태로 머리에는 나발(螺髮)과 함께 정상계주(頂上髻珠), 타원형의 중간계주(中間髻珠)를 조각했다. 입은 작은 편이고 전체적으로 온화한 표정이다. 귀는 큰 편으로 어깨에 거의 닿아 있고, 목에 삼도는 호분으로 인해 확인이 어렵다.
불상의 오른쪽 어깨에는 대의 위에 한 벌을 더 겹쳐 입은 편삼(偏衫)이 표현되어 있어 이중착의 형태임을 알 수 있다. 가슴에는 수평으로 안쪽에 입은 승각기가 확인된다. 좌우로 흘러내린 옷주름은 양팔 위에서 비슷한 형태로 조각되었으며, 무릎 아래쪽의 불상 받침에는 조각되지 않았다.
수인은 오른손을 무릎 아래로 살짝 내리고, 왼손은 손바닥을 위쪽으로 향한 채 보주(寶珠)를 들고 있다. 보주로 인해 약사불로 지칭되기도 하지만, 보주는 근래에 따로 조성된 것으로 원래는 항마촉지인을 결하고 있는 것으로 추정된다.
전체적으로 무릎이 낮은 비례와 이중착의 형식, 옷주름의 표현 등으로 볼 때 석불좌상의 조성시기는 17~18세기로 추정된다. 또, 석불좌상이 봉안되어 있는 석굴의 벽면에는 “건륭 사십구년 유월일 불상 개금시주(乾隆四十九年六月日佛像改金施主)”라는 글귀가 남아 있다. 이 기록을 통해 1784년에 불상이 개금되었음을 알 수 있고, 불상은 늦어도 1784년 이전에 조성되었음을 의미한다.
만월암 석불좌상은 조선 후기 석불을 연구하는 데 있어 중요한 작품이다. 주로 목조불상이 제작되었던 17~18세기에 조성된 흔하지 않은 석불로 보존 상태가 양호하고, 개금 기록을 통해 대략적인 조성 시기를 추정할 수 있다는 점에서도 중요한 자료이다.