본관은 남원(南原). 자는 율옹(栗翁), 호는 삼휴자(三休子). 아버지는 지밀직사사(知密直司事) 윤취(尹就)이며, 조광조(趙光祖)의 문인이다. 기준(奇遵)·신잠(申潛)·안정(安珽) 등의 신진사류들과 교유하였으며, 학문으로 이름이 높았다.
1519년(중종 14) 기묘사화 당시 아버지 상으로 화를 면한 뒤 벼슬에 나가지 않고 두문불출하였다.
1522년 어머니를 봉양하기 위하여 음보로 소격서참봉(昭格署參奉)을 거쳐 평시서직장(平市署直長)이 되고, 이어 종부시주부(宗簿寺主簿)·아산현감을 거쳐 1541년 안동판관에 제수되었다. 1548년(명종 3) 충익부도사(忠翊府都事)·군자감판관(軍資監判官)을 지냈다.