1984년 충청남도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었다. 석가모니불이 열반에 든 400년 뒤에 인도를 통일하고 불교를 깊이 신봉한 아소카왕이 구마라국(拘摩羅國)에 있는 사리보탑(舍利寶塔)으로부터 수많은 불사리를 발견하고 시방세계(十方世界)에 두루 나누어 봉안하였는데, 그 때 비사문천(毘沙門天)으로 하여금 계룡산에 있는 이 천연적인 석굴 속에 봉안하여두게 하였다고 한다.
그 뒤 600년이 지난 백제의 구이신왕 때에 아도(阿道)가 이를 발견하여 천진보탑이라 이름 하였다는 설화가 전한다. 이 설화는 우리나라가 불교 전래 이전부터 불교와 유연국토(有緣國土)이었음을 상징하는 대표적인 것이다. 아무런 인위적 조각이 가해지지 않은 이 탑의 상부에는 3층 석탑이 조각되어 있으며, 많은 불교도들의 신앙과 기도의 대상으로도 유명하다. 또한, 특별한 날에는 방광(放光)을 하는데 그 빛이 하늘을 꿰뚫는다고 전한다.