2010년 보물로 지정되었다. 청곡사 대웅전에 봉안된 목조석가여래삼존좌상으로 복장물에서 나온 「개금불사동참결연작복록(改金佛事同叅結緣作福錄)」의 기록을 통해 1615년(萬曆43, 乙卯)에 불상이 제작되었고, 1750년(乾隆15년,庚午) 중수개금이 있었음을 알 수 있다.
목조석가여래좌상을 중심으로 좌측에 문수보살좌상, 우측 보현보살좌상의 3구로 구성되었다. 제작 당시의 기록은 전하지 않지만 1750년에 기록된 「개금불사동참결연작복록」, 「진양동월아산청곡사불상개금십왕개채기(晉陽東月牙山靑谷寺佛像改金十王改彩記)」를 통해 1615년에 조성되었으며 개금불사는 1750년에 이루어졌음이 확인된다. 개금은 상정(尙淨), 각심(覺心), 계초(戒初)를 비롯한 10여명의 조각승들이 참여하였다. 불상은 얼굴 표현과 신체비례, 착의법(着衣法) 등에서 조각승 현진(玄眞)이나 청헌(淸憲)의 작품과 비교된다.
목조석가여래삼존상은 변형식 편단우견을 걸친 석가모니불을 중심으로 좌우에 협시보살상이 배치된 삼존형식의 불상이다. 방형의 넓적한 얼굴에 작게 표현된 이목구비, 단조로우면서도 힘 있는 옷주름 등이 특징적이다. 이는 조각승 현진이 제작한 1629년 창녕 관룡사 대웅전 목조석가여래삼불좌상(보물, 2011년 지정) 그리고 1636년 청헌의 구례 화엄사 대웅전 목조비로자나삼신불좌상(국보, 2021년 지정)과 비교된다.
청곡사 목조석가여래삼존좌상은 불상 제작 당시의 발원문은 없지만 중수시 개금발원문을 통해 1615년에 불상이 제작되었고, 1750년(乾隆15년,庚午) 중수개금이 이루어진 상임이 확인된다. 불상을 만든 조각승은 확실하지는 않지만 형식이나 양식적인 특징을 통해 현진이나 청헌에 의해 제작되었을 가능성이 높다. 이 불상은 170cm에 이르는 크기가 주는 당당함과 우수한 조각 표현 그리고 사례가 적은 석가삼존의 형식적 측면에서 조각후기 불교조각사에 중요한 작품이다.