2008년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 불상은 높이 100.5㎝, 다리 너비 71㎝. 진주 연화사 대웅전에 봉안되어 있는 삼존불 중 본존불로 조선 후기의 목조아미타여래좌상이다. 좌우의 협시보살상들은 아미타여래좌상과 조각적 특징이 다른데, 이후에 조성된 것으로 추정된다.
연화사 목조아미타여래좌상은 원래 경상남도 고성군 운흥사(雲興寺)에 있었던 아미타삼존불의 본존상이다. 불상의 몸 속에서 10여 종의 다라니가 발견되었지만 상을 만든 조성자, 발원자 등을 적은 불상조성기는 발견되지 않아 정확한 연대는 확인할 수 없다. 원래 협시상 중 대세지보살좌상(경상남도 유형문화재, 2008년 지정)은 1959년에 고성 보광사로, 다른 협시상인 관음보살상은 운흥사에 봉안되어 있다.
연화사 목조아미타여래좌상은 높이 100.5㎝의 중형 여래상으로, 결가부좌의 자세에 양손은 다리 위에 살짝 들어 엄지와 중지, 검지를 살짝 구부렸다. 어깨가 넓은 방형의 상반신에 앉은 다리 폭이 넓어 안정된 신체 비례를 보이며, 측면도 가슴과 팔이 두껍다.
머리와 육계는 구분 없이 그 경계에 중간계주, 정상부에 정상계주를 각각 두었다. 턱으로 가면서 갸름해진 방형 얼굴에 긴 눈, 오뚝한 코, 그리고 미소를 띤 입술을 특징으로 차분한 인상을 준다.
옷은 양 어깨를 덮은 변형통견식을 입었으며, 오른쪽 어깨에 옷주름은가장 안쪽 자락이 U자형으로 늘어지고, 배 앞으로는 두 개의 옷자락이 서로 교차되어 있다. 다리 앞으로는 가운데 넓은 옷주름을 중심으로 양측으로 펼쳐 놓았으며, 왼쪽 다리를 따라 뾰족하고 소맷자락이 흘러내리고 있다. 이런 소맷자락의 표현적 특징은 구미 수다사 목조아미타여래좌상(1649년), 남해 용문사 목조지장보살상(1678년) 등 희장(熙臧) 혹은 희장파(熙臧派)와 관련된 조각승의 양식적 특징으로 주목된다.
진주 연화사 목조아미타여래좌상은 고성 보광사 대세지보살상 · 고성 운흥사 관음보살상과 원래 삼존형식이며, 옷주름 등 세부적인 차이는 약간 있지만 신체 비례, 얼굴 등의 특징은 대동소이하다. 이 목조여래좌상은 조선 후기 경상도 지역에서 활동한 조각승 희장과 유파의 양식적 특징을 파악하는데 귀중한 자료로 평가된다.