본관은 파평(坡平). 초명은 윤선각(尹先覺). 자는 수부(粹夫), 호는 은성(恩省) 또는 달천(達川). 윤지숭(尹之崇)의 증손으로, 할아버지는 윤정림(尹廷霖)이다. 아버지는 현령 윤희렴(尹希廉)이며, 어머니는 이여경(李餘慶)의 딸이다.
1568년(선조 1) 증광문과에 병과로 급제, 사간원정언·예문관응교·홍문관부제학·승정원좌승지 등을 역임하였다. 1592년 충청도관찰사가 되자 왜적의 침입에 대비하여 무기를 정비하였다.
그 해 임진왜란이 일어나 왜적을 막아 내다 패하여 파직당하였다. 뒤에 다시 기용되어 충청도순변사가 되었고, 판결사(判決事)·병조참판·동지중추부사(同知中樞府事) 등을 거쳐 비변사당상(備邊司堂上)이 되어 왜란 뒤의 혼란한 업무들을 처리하였으며, 광해군 초에 공조판서를 지냈다.