1979년 8월 안과병원을 운영하는 김희수(金熺洙)가 학교법인 인수학원(仁水學園)을 인수하여 1980년 5월 건양학원(建陽學園)으로 명칭을 바꾸고, 산하에 양촌중고등학교(陽村中高等學校)를 운영해오던 중, 1988년 12월 4년제 대학 설립인가를 받아 1991년 3월 개교하였다. ‘진리 · 창조 · 봉사’를 건학이념으로 하며, 교명인 건양(建陽)은 고종이 채택한 대한제국 최초의 연호로 한민족의 고유한 정신세계를 바탕으로 한 새로운 시대의 지도자양성을 뜻하고 있다.
개교 당시에는 인문학부에 국어국문학과 · 영어영문학과, 경상학부에 경영학과 · 무역학과, 이학부에 수학과 · 화학과 · 전자계산학과, 공학부에 기계공학과 · 컴퓨터공학과 · 식품공학과 등 10개 학과 400명의 정원이었는데, 1995년 종합대학교로 개편되면서 25개 학과가 설치되었다.
2001년 5월에는 개교 10주년 기념행사가 있었으며, 2002년 2월에는 학문분야 평가 우수대학 선정, 같은 해 8월에는 교육개혁추진 우수대학 선정, 11월에는 지방대학 육성사업 재정 지원대상 대학으로 선정되었다.
2006년 9월 15일에는 대전캠퍼스 의과학관 개관식이 있었으며, 2007년 3월에는 대학종합평가 우수 대학에 선정되었다. 2010년 3월에는 교육역량강화사업에 3년 연속 선정되기도 하였다.
2010년 현재 GCC, 경상계열, 공공행정계열, 문화산업계열 등 14개의 단과대학과 45개 학과 그리고 일반대학원, 경영행정대학원을 비롯한 5개의 대학원이 설치되어 있다. 재학생은 대학 8,202명, 대학원 665명 등 총 8,867명이 있으며, 전임교원은 331명, 행정직원은 105명이 있다.
부속기관으로는 평생교육대학, 국제교육원, ACE종합인력개발센터, 정보통신지원센터, 명곡도서관, 산학협력단, 건양대학병원 등이 운영되고 있다. 부설연구소로는 인문과학연구소, 자연과학연구소, 사회과학연구소, 공간디자인연구소, 학생생활상담연구소, 예학교육연구원 등 총 11개가 운영 중이다.
‘참된 인성을 갖춘 인재양성’을 지표로 하여, 교육목표는 ‘정보기술 활용능력 함양, 실용 직무능력 함양, 다문화 이해능력 함양, 외국어 활용능력 함양, 창의적 지도력 함양, 봉사생활 습관 함양’이다. 특색사업으로는 ‘H4C’ 즉, ‘인성교육, 외국어 회화교육, 컴퓨터교육, 자격증취득교육, 창의력 신장 교육’을 통해 100% 취업률 달성 목표로 운영 중이다.