1994년 사적으로 지정되었다. 지정면적 88,485㎡. 이곳에서 ‘普門(보문)’이라고 새긴 평기와가 출토되고 있어 보문사가 있었음을 알 수 있다.
현재 금당지(金堂址) · 동서목탑 등의 건물터와 석조(石槽) · 당간지주(幢竿支柱) · 초석 · 석등부재(石燈部材) 등이 남아 있지만, 절터의 대부분은 경작지로 이용되고 있다. 금당지의 높이는 경작지의 표토에서 1m 정도이며, 흙으로 쌓은 축대 위에 건물의 기단석과 초석이 배치되어 있다.
목탑지는 금당지 앞의 높은 단 위에 남아 있는데, 서탑지의 중앙에 남아 있는 대형초석에는 연화문이 조각되어 있다. 서쪽에 69㎝의 간격을 두고 남북으로 상대하고 있는 두 경주 보문사지 당간지주는 1963년 보물로 지정되었고, 북쪽의 논 가운데 62㎝의 간격을 두고 동서방향으로 있는 두 경주 보문사지 연화문 당간지주(보물, 1987년 지정)의 높이는 1.4m이다. 이 밖에도 1963년 보물로 지정된 경주 보문사지 석조를 비롯하여 석등의 옥개석(屋蓋石) 및 장대석(長大石) 등의 석조물이 남아 있다.