정부는 폭주하는 수출증가에 대비하여, 1973년 1월 수출산업공업단지와 수출자유지역의 개발·운영 및 공업단지산업의 진흥, 그리고 공업단지 이용·개발의 개선에 관한 사무를 관장하도록, 상공부의 외청으로 설치하였다.
조직으로는 청장과 차장 밑에 2국 5과가 있고, 그 밖에 청장 직속의 공보담당관과 차장 직속의 기획관리관이 있었다. 그 중 개발국은 수출산업공업단지 및 수출자유지역에 관한 계획·조정·지정과 그 지역의 항만시설 유지·보수 등을 관장하고, 진흥국은 공업단지를 육성하며, 입주기업체에 대한 투자·기술·인력의 지도·감독 등을 맡았다.
이 공업단지관리청의 설치에 따라 수출자유지역관리청은 폐지되었다. 1976년 12월 공업단지관리청이 폐지됨에 따라 상공부에 공업단지국을 신설하여 승계하였다.