1933년 5월 19일 5년제 공주공립농업학교(公州公立農業學校)로 개교되었다. 설립 당시의 농업진흥정책과 충청남도 도청이 공주에서 대전으로 이전하게 되어 공주 지역민에 대한 보상책의 하나로 학교설립이 이루어졌다. 제1회 입학생은 53명이었으며, 4학년부터 농림과와 농잠과로 나누어 전문교과를 이수하였다.
1946년 6년제 농업중학교로 되었으며, 1951년 중학교와 고등학교로 개편되어 3년제 농업고등학교가 되었다. 1945년의 화재와 2차에 걸친 금강의 홍수로 교사를 여러 차례 옮겼다가, 1963년 지금의 자리로 정착하였다. 1968년 농업과·축산과·잠업과·농업토목과·농업기계과로 증설되고, 국제개발협회(IDA) 교육차관에 의하여 1972년까지 시설을 늘렸다.
1972년 공주군 계룡면에 협업농장과 충청남도 영농학생 수련소를 설치하여 운영하고 있다. 1976년 새마을교육실적 최우수학교로 선정되어 문교부장관의 표창을 받은 바 있다. 1979년 특수목적고등학교로서 자영농과를 설치하여 1980년부터 영농후계자를 육성하고 있다.
1998년 8월 26일 현재의 교육과정이 설치되어 전 학급이 남녀공학이 되었다. 1999년 2월 3일 특수 1학급 설치되었으며, 2006년 3월 1일에 공주생명과학고등학교로 교명을 변경하였다.
2010년 현재 농업경영과․원예경영과․축산경영과․농업토목과․식품가공과․농업기계과․유통정보과의 각 학년별 8학급 및 특수학급을 포함한 총 28학급이 개설되어 남 474명, 여 197명 총 671명의 학생이 재학 중이다. 교원 53명과 일반 행정직 13명을 비롯한 68명이 재직 중이다.
교육목표는 ‘올바른 가치관과 건전한 민주시민의 자질을 갖춘 사람, 풍부한 사고력과 탐구 정신을 가진 사람, 확고한 직업관을 가지고 과학영농을 실천할 사람, 강인한 체력과 굳건한 의지로 시련을 이겨내는 사람’이다. 학교 홈페이지에서 ‘디지털 도서관, 빛뜨란코너’ 등을 운영 중이며 동아리 활동으로는 ‘식물조직 배양 동아리 「런바이오」, 토마-토 동아리, 제과기능경기반(아트베이커리)’ 등이 활발히 운영되고 있다.