1398년(태조 7)에 현유(賢儒)의 위패를 봉안, 배향하고 지방민의 교육과 교화를 위하여 창건되었다. 1400년(정종 2) 화재로 소실되었다가 1407년에 재건하였으며, 임진왜란 때 다시 소실된 것을 1601년(선조 34)에 중건하였다.
1636년 병자호란으로 소실되었다가 1639년 중건하고 1690년(숙종 16)에 현재의 위치로 이건하였으며, 1944년에 시흥향교 · 안산향교가 폐지되고 과천향교로 통합되었다가, 1959년에 시흥향교로 개창되었다. 이후 1996년에 과천향교로 복원되었다.
현존하는 건물로는 정면 2칸, 측면 2칸의 맞배지붕, 겹처마로 된 대성전을 비롯하여 명륜당 · 내삼문(內三門) · 외삼문 등으로 되어 있으며, 대성전에는 5성(五聖), 송조2현(宋朝二賢), 우리나라 18현(十八賢)의 위패가 봉안되어 있다.
조선시대에는 국가로부터 토지와 전적 · 노비 등을 지급받아 교관이 교생을 가르쳤으나, 갑오개혁 이후 신학제 실시에 따라 교육적 기능은 없어지고 봄 · 가을에 석전(釋奠)을 봉행(奉行)하며 초하루 · 보름에 분향을 하고 있다.
이 향교는 1983년 경기도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었으며, 전교(典校) 1인과 장의(掌議) 수인이 운영을 담당하고 있다.