대한불교조계종 제5교구 본사인 법주사(法住寺)의 말사이다. 1393년(태조 2) 무학(無學)이 창건한 뒤, 영축봉의 동쪽과 서쪽 봉우리 밑에 거북모양의 바위가 있음을 보고 영구암(靈龜庵)이라 하였다. 무학은 산세로 보아 능히 성현을 배출할 수 있는 곳이라 하여 암자를 세웠다고 한다.
그 뒤 이 절은 아들 없는 사람이 정성을 다하면 아들을 얻고, 단명한 사람이 기도하면 장수한다고 하여 기도도량으로 널리 알려졌다. 조선 말기에 폐사가 된 것을 1933년에 청주에 사는 한병석(韓柄奭) 등 신도들이 힘을 모아 중건하였으며, 그 뒤 언제부터인지 절 뒤의 영축봉을 구절봉으로 부르게 되어 절 이름도 구절사라고 하였다.
1950년 무렵 대웅전을 중건하였고, 1979년 칠성각과 산신각을 지어 오늘에 이르고 있다. 현존하는 당우로는 1950년 이후에 건립한 대웅전과 칠성각·산신각·요사채 등이 있으며, 당우 안에는 불상·탱화·범종 등이 조성되어 있다.