식물검역은 외국에서 수입되는 종묘류·곡류·과실류·목재류 등 농림산물에 대하여 그 수입항구 또는 공항에서 검사하는 것을 말한다.
그리고 유해 병해충이 발견될 경우 소독을 실시하거나 수입식물체를 반송·폐기처분하는 등 외국으로부터 병해충의 국내 유입을 사전 봉쇄하여 국내의 농림산업을 보호한다. 외국으로 수출하는 농림산물은 상대 교역국의 요구조건에 따른 검역을 실시하여 국제신용도의 제고를 기하는 것을 목적으로 한다.
우리나라의 식물검역은 1912년 12월 조선총독부령 제43호에 의하여 재식(栽植) 또는 접목용의 과수 및 벚나무와 그 가지·줄기·뿌리에 대하여 수입과 이입을 금지품목으로 정하고 소독을 실시한 것만이 수입을 허용한 시초였다. 이러한 검사는 인천·부산·원산·진남포세관과 군산·목포·청진세관 지서에서 맡아 실시하였다.
1933년 8월 조선총독부령 제79호로 조선수출입식물검사규칙이 공포되어 식물검역의 법적 체제를 갖추고 본격적인 식물검역이 실시되었으나, 1945년 8월 광복 이후 14년간의 공백기를 가지게 되었다. 이 기간에 흰불나방이 침입, 현재까지 농림산업에 막대한 피해를 주고 있다.
1959년 6월 농림부에서 10개 세관과 11개 시·도에 식물방역관을 배치하여 수출입 식물과 국내 과수묘목의 검사 등 식물검역 업무를 재개하였으며, 1961년 12월「식물방역법」이 제정·공포되었다.
1977년인천·부산·서울·군산 및 제주에 식물방역사무소를 두고 그 산하에 주재실을 두었다. 1978년 4월 12일 대통령령 제8930호로 농수산부 산하기관인 국립식물검역소를 설치하였으며 1999년 당시 서울·인천·부산·군산 및 제주의 5개 지소와 서울세관, 서울국제우체국, 청주·대구·마산·울산·광주·목포 및 여수 등 18개 출장소를 두었다.
국립식물검역소의 주요 업무는 수출입식물의 검역, 조사연구 및 국제협력으로 구분된다. 검역업무는 수입검역과 수출검역으로 구분된다. 수입검역업무로는 외국 병해충의 유입을 원천 봉쇄하기 위하여 「식물방역법」에 따라 농림산물의 수입장소 지정, 수출국의 검역증명서 첨부, 특정식물의 수입금지 등 제한조치를 취하였다.
농림산물이 수입되면 현장에 나가 검사를 실시하고, 병해충이 발견된 뒤 소독방법이 없으면 폐기 또는 반송된다. 조사연구업무로는 병해충의 분류동정, 생태 및 분포조사, 소독약제의 물리화학적 성질조사, 외국의 문헌조사 등 새로운 검사방법 및 소독방법의 개발에 주력하였다.
우리나라는 1953년 12월 8일 국제식물보호협약에 가입하여 체약국간의 정보교환, 식물검역관의 해외연수 등 식물검역에 따른 국제협력을 강화하였으며, 과학적인 검사를 위하여 검역장비를 현대화함으로써 외래 병해충의 유입방지를 위하여 능동적으로 대처하였다. 2007년 11월에 국립식물검역소가 국립식물검역원으로 승격되어 기관명을 변경하였다. 국립식물검역원은 5과, 5지원, 2관리소, 21사무소로 구성되었다. 본원은 경기도 안양시 안양6동에 있었다.
2011년 6월 국립식물검역원, 국립수의과학검역원, 국립수산물품질검사원이 서로 통합되어 통할기구로서 농림수산검역검사본부가 새롭게 출범하였다. 이후 2013년 농림수산검역검사본부가 농림축산검역본부로 명칭을 변경하였으며, 기존 농림수산검역검사본부의 축수산식품 안전 업무는 식품의약품안전처로 이관되었다. 농림축산검역본부는 경상북도 김천시 혁신8로 177(율곡동)에 있다.