1998년 2월에 설립되었다가 1999년 5월 3일<정부조직법> 개정에 따라 기획예산위원회가 예산청을 통합하여 기획예산처로 개편하였다. 정무직인 위원장 1인을 포함한 7인 이내의 위원으로 구성되었으며, 위원장 및 위원 2인은 상임이었다.
상임위원 2인은 위원회의 사무처장 및 정부개혁실장이 겸직하였고, 비상임위원 중 1인은 예산청장으로 하였으며, 기타 비상임위원은 관계 민간전문가 중에서 위원장의 제청으로 대통령이 임명하였다.
기획예산위원회에는 사무처 및 정부개혁실을 두었고, 사무처에 총무과 및 재정기획국이 있었고, 위원장 밑에 공보관 1인을 두었다. 주요 업무로는 공보관은 공보사무에 관하여 위원장을 보좌하였다.
재정기획국은 예산관련 국가정책의 우선 순위에 대한 목표 제시, 예산이 수반되는 중장기 국가정책의 기획·조정, 예산편성지침의 작성·시달, 세입관련정책의 수립 및 종합·조정, 중장기적인 재정정책의 주요 지표 제시, 대내외 재정환경의 조사·분석, 거시경제정책 수단의 종합·조정, 주요 부문별·사업별 중장기 재정소요 전망 등을 담당하였다.
또한, 예산이 수반되는 주요 정책과제의 중장기 추진방향의 수립, 사회간접자본 민자유치관련 정책의 종합·조정, 예산이 수반되는 지역발전관련 시책의 종합·조정, 국가와 지방자치단체 간의 재원배분에 관한 사항, 예산자문회의의 운영 및 각계 의견의 수렴, 국내외 재정관련 기관과의 협력에 관한 사항, 예산청 및 예산자문회의와의 업무협조 등에 관한 사무를 담당하였다.
정부개혁실은 예산관련사업의 평가에 관한 사항, 재정지출구조의 개혁에 관한 사항, 재정운영방식의 개혁에 관한 사항, 예산회계제도의 개혁에 관한 사항, 대규모 국책사업의 기획 및 그 집행결과의 평가·분석, 정부 및 지방자치단체의 행정개혁의 기본계획 수립에 대한 업무를 담당하였다.
또한, 행정의 투명성 및 민주성의 제고방안 연구, 정부조직 및 정원관리에 관한 기본방침의 수립, 각종 기금, 정부출자·출연 및 보조기관 등 정부재정지원기관의 경영평가 및 제도개선에 관한 사항, 정부투자기관제도의 개선에 관한 사항, 행정생산성 제고를 위한 행정기관의 업무성과 측정작업에 관한 사항 등과 관련된 업무를 담당하였다.
또한, 예산에 관한 중요 사항에 관하여 위원장의 자문에 응하고 필요한 사항을 건의하게 하기 위하여 예산자문회의가 설치되어 있었다. →기획예산처