장관·차관 각 1인과 총무과·기획관리실(기획예산담당관·행정관리담당관·법무담당관)·정부개혁실(재정개혁단·행정개혁단·공공관리단)·예산실(예산총괄심의관·경제예산심의관·사회예산심의관 및 11개 과)·재정기획국(기획총괄과·재정정책과·중기재정과·재정협력과)·예산관리국(관리총괄과·투자관리과·제도관리과) 및 공보관을 두었다.
1948년 정부수립 후 경제기획업무와 예산업무는 국무총리소속하의 기획처에서 관장하였다. 그러나 사회 불안, 6·25전쟁 등으로 제구실을 하지 못하다가 1954년 국무총리제가 폐지되면서 기획처가 폐지되고, 그 기능 중 예산업무는 재무부로, 경제기획업무는 신설된 부흥부로 이관되었다. 1961년 5·16군사정변으로 부흥부는 건설부로 개편되었으나 2개월 후인 1961년 7월에는 건설부가 경제기획원으로 확대개편되면서 재무부의 예산업무까지 인계받았다.
이 때부터 경제기획원장(장관)이 국무총리(내각수반)의 바로 후순위 지위를 가지고 당시 시작된 경제개발계획의 시행과 함께 막강한 권한을 행사하였다. 그러나 민간경제 분야의 자율성을 확대할 필요가 점차 증가하고 정부조직을 축소, 개편하기 위하여 1994년 경제기획원과 재무부가 통합하여 재정경제원을 발족하였는 바, 재정·기획·예산 기능을 통합한 이 조직은 정부 내에서 더욱 막강한 지위를 확보하였다.
그러나 1998년 2월 정권교체를 즈음한 당시의 국제통화기금(IMF) 관리체제를 불러온 경제위기는 기획예산기능의 강화를 요구하였고, 이에 대통령소속하에 기획예산위원회를 두어 예산편성지침의 작성, 재정개혁, 행정개혁 업무를 담당하게 하고, 예산청을 재정경제원에서 축소개편된 재정경제부의 소속으로 설치하여 예산의 편성 및 그 집행의 관리를 관장하게 하였다. 그러나 예산업무의 2원화의 문제점이 지적되어 1999년 5월 대통령소속하의 기획예산위원회와 재정경제부소속하의 예산청을 통합하여 국무총리소속하의 기획예산처로 개편하였다.
2008년 2월 기획예산처가 재정경제부와 통합되어 기획재정부로 개편되었다. 이후 기획재정부는 2013년 부총리 부처로 승격하여 지금에 이르고 있다.