1948년 11월에 1실 5국 23과로 출범하였으며 주요 기구로는 비서실·이재국·사세국·회계국·세관국·전매국을 두고 있었다. 1987년 당시 기구로는 국무위원인 장관 밑에 차관 및 제1차관보·제2차관보, 공보관·감사관·비상계획관·저축심의관과 기획관리실 및 총무과가 있었다.
기획관리실에는 기획예산담당관·행정관리담당관·법무담당관을 두고 국고국·이재국·증권국·보험국·국제금융국·경제협력국·세제국 및 관세국을 두고 있었다. 그리고 장관 소속하에 국세청·관세청을 두었다. 그 밖에 국세심판소·세무대학·한국은행 및 시중은행·한국조폐공사·신용보증기금·한국감정원·성업공사·한국보험공사·한국증권거래소·증권감독원·한국담배인삼공사 등의 여러 기관을 감독하였다.
재무부는 역사적으로 고구려 소수림왕 때(4세기경) 국가의 출납을 맡았던 울절(鬱折), 백제 고이왕 때(3세기경) 고장(庫藏) 등 재무담당이었던 내두좌평(內頭佐平) 및 신라 진덕왕 때(7세기경) 재정과 창고업무를 담당하였던 창부(倉部) 등의 중앙관제가 있었으며, 고려는 성종 때(10세기) 삼성육부제(三省六部制)의 중앙행정조직에 호구와 조세를 관장하였던 호부가 있었다.
조선의 경우 1405년(태종 5)에 6조의 한 부서인 호조에서 호구·공부·부역·전세(田稅) 및 재물 등의 많은 사무를 맡아보았다. 이는 재무부와 기능이 가장 비슷하다고 할 수 있다.
1994년 12월 23일 <정부조직법> 개정에 따라 국가재정정책과 예산기능의 연계성을 강화하고 규제조직을 감축함으로써 중앙행정기관별 정책의 자율성과 창의성을 확대하기 위하여 경제기획원과 재무부를 재정경제원으로 통합하였고, 1998년 2월 28일에는 그 조직을 축소하여 재정경제부로 개칭하였다. 2008년 재정경제부와 기획예산처를 통합하여 기획재정부로 재편되었다.