1948년 정부수립당시 설립된 문교부가 1991년 1월부터 교육부로 개칭되었으나, 국가적인 차원에서 인적자원개발정책을 총괄 · 조정할 기능을 담당할 조직을 명시하여야 한다는 요구에 따라 2001년 1월 29일 정부조직법을 개정하여 교육부를 교육인적자원부로 확대 · 개편하였다.
문교부가 교육부로 개칭된 바 있었으나, 이 기관의 업무는 정부수립 이후 문화 · 예술 업무와 체육 업무가 다른 부처로 이관된 것을 제외하고는 별다른 변화가 없었다. 그러나 21세기로 접어들면서 정보통신산업이 큰 관심을 끌게되고 이러한 환경변화에 적응하기 위해서는 지식기반사회를 구축하여야 하였다.
지식기반사회를 구축하기 위해서는 인적자원을 개발하여야 하나 이는 각 부처나 각 기업체가 각기 행하여 왔고 또 그럴 수밖에 없는 바, 이러한 사업을 국가적 차원에서 총괄, 조정할 필요가 생겼다.
이에 정부는 2000년 2월 대통령령으로 인적자원개발회의규정을 제정하여 교육부장관을 의장으로 하고 행정자치부 · 과학기술부 · 문화관광부 · 산업자원부 · 정보통신부 · 노동부 · 기획예산처 · 국무조정실 등의 장관(장)을 위원으로 인적자원개발회의를 구성하고, 중 · 단기 인적자원 개발 · 관리에 관한 사항, 인적자원 개발정책과 관련한 각 부처의 정책조정 등의 업무를 행하도록 하였다.
그러나 대통령령을 근거로 설치된 인적자원개발회의를 다른 장관들과 동급인 교육부장관이 의장이 되어 효율적인 운영을 하는 데 한계가 있었다.
이에 교육부를 교육인적자원부로 확대, 개편하고 장관이 부총리를 겸임하도록 하며, 조직의 제1주요업무를 인적자원개발정책의 수립 · 총괄 · 조정으로 한 것이다.
문교부 시절부터 이 조직의 주업무는 교육업무 즉, 학교 · 학생 · 교원에 관한 업무이다. 그러나 앞서 지적한 바와 같이 인적자원개발업무를 국가적 차원에서 조정하는 업무가 새로이 추가된 것이다.
부총리를 겸임하는 장관(국무위원) 외에 차관 · 차관보 · 공보관 · 감사관 · 국제교육정보화기획관 · 총무과, 기획관리실(기획예산담당관 · 행정관리담당관 · 법무담당관 · 시설담당관 · 여성교육정책담당관 · 비상계획담당관), 학교정책실(학교정책과 · 교육과정정책과 · 평가관리과 · 교원정책과 · 교원양성연수과 · 교원복지담당관 · 교원정책심의관), 인적자원정책국(정책총괄과 · 조정1과 · 조정2과 · 정책분석과), 평생직업교육국(평생학습정책과 · 직업교육정책과 · 전문대학지원과), 대학지원국(대학행정지원과 · 학술학사지원과 · 대학재정과), 교육자치지원국(지방교육기획과 · 지방교육재정과 · 유아교육지원과 · 특수교육보건과)을 두고 있다. 직속기관으로는 학술원사무국 · 국사편찬위원회 · 국제교육진흥원 · 국립특수교육원 · 교원징계재심위원회가 있었다.
2008년 2월 교육인적자원부가 과학기술부와 통합되어 교육과학기술부가 출범하였다. 이후 2013년 3월 기존의 교육과학기술부가 교육부로 개편되었다.