1948년 정부수립당시 설립된 문교부가 1991년 1월부터 교육부로 개칭되었으나, 국가적인 차원에서 인적자원개발정책을 총괄·조정할 기능을 담당할 조직을 명시하여야 한다는 요구에 따라 2001년 1월 29일 정부조직법을 개정하여 교육부를 교육인적자원부로 확대·개편하였다.
문교부가 교육부로 개칭된 바 있었으나, 이 기관의 업무는 정부수립 이후 문화·예술 업무와 체육 업무가 다른 부처로 이관된 것을 제외하고는 별다른 변화가 없었다. 그러나 21세기로 접어들면서 정보통신산업이 큰 관심을 끌게되고 이러한 환경변화에 적응하기 위해서는 지식기반사회를 구축하여야 하였다.
지식기반사회를 구축하기 위해서는 인적자원을 개발하여야 하나 이는 각 부처나 각 기업체가 각기 행하여 왔고 또 그럴 수밖에 없는 바, 이러한 사업을 국가적 차원에서 총괄, 조정할 필요가 생겼다.
이에 정부는 2000년 2월 대통령령으로 인적자원개발회의규정을 제정하여 교육부장관을 의장으로 하고 행정자치부·과학기술부·문화관광부·산업자원부·정보통신부·노동부·기획예산처·국무조정실 등의 장관(장)을 위원으로 인적자원개발회의를 구성하고, 중·단기 인적자원 개발·관리에 관한 사항, 인적자원 개발정책과 관련한 각 부처의 정책조정 등의 업무를 행하도록 하였다.
그러나 대통령령을 근거로 설치된 인적자원개발회의를 다른 장관들과 동급인 교육부장관이 의장이 되어 효율적인 운영을 하는 데 한계가 있었다.
이에 교육부를 교육인적자원부로 확대, 개편하고 장관이 부총리를 겸임하도록 하며, 조직의 제1주요업무를 인적자원개발정책의 수립·총괄·조정으로 한 것이다.
문교부 시절부터 이 조직의 주업무는 교육업무 즉, 학교·학생·교원에 관한 업무이다. 그러나 앞서 지적한 바와 같이 인적자원개발업무를 국가적 차원에서 조정하는 업무가 새로이 추가된 것이다.
부총리를 겸임하는 장관(국무위원) 외에 차관·차관보·공보관·감사관·국제교육정보화기획관·총무과, 기획관리실(기획예산담당관·행정관리담당관·법무담당관·시설담당관·여성교육정책담당관·비상계획담당관), 학교정책실(학교정책과·교육과정정책과·평가관리과·교원정책과·교원양성연수과·교원복지담당관·교원정책심의관), 인적자원정책국(정책총괄과·조정1과·조정2과·정책분석과), 평생직업교육국(평생학습정책과·직업교육정책과·전문대학지원과), 대학지원국(대학행정지원과·학술학사지원과·대학재정과), 교육자치지원국(지방교육기획과·지방교육재정과·유아교육지원과·특수교육보건과)을 두고 있다. 직속기관으로는 학술원사무국·국사편찬위원회·국제교육진흥원·국립특수교육원·교원징계재심위원회가 있었다.
2008년 2월 교육인적자원부가 과학기술부와 통합되어 교육과학기술부가 출범하였다. 이후 2013년 3월 기존의 교육과학기술부가 교육부로 개편되었다.